snakemake 相关问题

Snakemake是一个工作流管理系统，具有Python风格的规范语言。

Snakemake：使管道适应新版本8.18.1

对于任务，我需要实现下面脚本中的逻辑。（脚本来源）。但在当前版本中，标志“目录”仅对输出有效，对输入无效。这如何在

snakemake

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如何获取 Snakemake 文件的语法高亮/着色？

snakemake 文档显示了 Snakefile 文件的语法突出显示，如下所示我可以在 IDE 中获取类似于 Snakefile 的东西吗？ PyCharm 还是 VSC？我已经尝试使用 PyCharm

snakemake

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Snakemake：在 Snakemake 模块外部规则之外打开相关 Github 文件

我正在开发几个将由其他项目导入的snakemake模块，我想区分用户可以更改的配置（config / config.yaml）和设置......

python snakemake pypsa

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有没有办法在奇点容器中运行snakemake，并为单个规则提交计算集群？

有没有办法让提交到集群的规则继承父命令奇点容器？我在容器内运行基本的 Snakemake，以实现可移植性，大多数规则使用...

cluster-computing snakemake singularity-container

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Snakemake 从输入中剥离尾部斜杠

我有一个工作流程，可以对目录的内容执行许多质量控制任务。因此，该目录是唯一的输入，我调用如下： Snakemake --snakefile 蛇文件 \ --使用-c...

python snakemake

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Snakemake 检查点未评估

我有一个检查点规则正在创建文件（名称事先未知），并且每个文件都必须由规则 BaseCellCounter 处理。我不知道如何让snakemake理解b...

snakemake

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snakemake 中的通配符和正则表达式

我正在尝试使用一些文件夹/目录名称创建通配符，这些文件夹/目录名称是从创建“Campylobacter/Gene_Flow/ReferenceDatabase/{dirname}”折叠的规则ReferenceDatabase中输出的...

regex wildcard snakemake digits

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如果是snakemake中的“temp”

假设我有一个像这样的snakemake规则规则xxx：输出：临时（目录（“atac_seq /”））壳： ”“” Snakemake——全部核心 “””...

unix bioinformatics snakemake

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Snakemake 规则仅执行 1 项工作后失败 - Sortmerna

我在与 sortmerna 包结合运行 Snakemake 规则时遇到问题。我有 6 个 fastq 格式的样本。我想用 sortmerna 处理每个样本。我正在尝试的规则...

conda bioinformatics snakemake

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Snakemake 包装器中（生物）conda 版本的最佳实践？

使用conda在Snakemake包装器中指定包的最佳environment.yml实践是什么？我理解渠道应该是：渠道： - 康达锻造 - 比奥康达 - 根据

conda snakemake

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Snakemake 文档中这个 SHA256 哈希的编码是什么？

我习惯于将 SHA256 哈希值打印为十六进制，但是这个哈希值是如何编码的呢？ u98a9cjsd98saud090923ßkpoasköf9ß32 这是来自 Snakemake 文档，在这种情况下： sha256 检查...

python sha256 snakemake

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如果我触摸大小小于100,000字节的输入文件，为什么snakemake不会重新运行工作流程？

版本 Snakemake版本：8.16.0 蛇形锉刀规则测试：输入： “输入.txt” 输出： “输出.txt” 壳： ”“” 猫 {输入} > {ou...

python pipeline workflow snakemake

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如何有条件地组合参数？

假设我有以下输入 FASTQ 文件： $ ls -1 输入/ CM0009619-ABB_L01_Read1_Sample_Library_XY102.fastq.gz CM0009619-ABB_L01_Read1_Sample_Library_XY110.fastq.gz CM0009619-

snakemake

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Snakemake - 如何有条件地组合参数？

假设我有以下输入 FASTQ 文件： $ ls -1 输入/ CM0009619-ABB_L01_Read1_Sample_Library_XY102.fastq.gz CM0009619-ABB_L01_Read1_Sample_Library_XY110.fastq.gz CM0009619-

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既然 Tibanna 在 Snakemake 8 上不再可用，如何在 AWS 上运行 Snakemake

目前我正在使用旧版本的 Snakemake (7.30.0) 在 AWS 上运行 Snakemake 管道。我想更新到 Snakemake 的最新版本。不幸的是，蒂班纳似乎是......

amazon-web-services kubernetes snakemake tibanna

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作为 AWS Batch 或 AWS Fargate 任务运行的 Snakemake 在存储在 S3 存储桶上的输入上引发 MissingInputException

我们有一个 Dockerized Snakemake 管道，其输入数据存储在 S3 存储桶 Snakemake-bucket 上：蛇文件：规则bwa_map：输入： “数据/基因组.fa” 输出： ”

amazon-s3 aws-fargate snakemake aws-batch

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使用通配符snakemake输入和输出中的多个变量

统治一切：输入：展开(“组织/{id}/atac_seq/{srr}/{srr}_S1_L001_R1_001.fastq.gz”, id = IDs, srr = df[df['library_type']=='染色质可访问性']['库' ]), 展开（“

ubuntu unix command-line-interface bioinformatics snakemake

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如何记录 Snakemake 工作流程的持续时间（每个作业和总时间）？

如果我运行 Snakemake 工作流程，每个作业的开始时间都会记录到控制台，例如 [2024 年 7 月 12 日星期五 10:39:15] 我如何调整日志记录以显示每个作业的持续时间和

snakemake pypsa

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如何在snakemake中启用“output”来检测“run”中的变量

我正在尝试为 .csv 文件中存储的不同“ID”创建目录（它们存储在“ID”列下）。然而，snakemake似乎无法检测到...

ubuntu bioinformatics snakemake

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将 Snakemake 与 Sun Grid Engine 阵列作业结合使用

我想知道是否有人知道如何在 Sun Grid Engine 计算环境中正确使用 Snakemake - 我正在使用共享 HPC 集群并同时运行许多作业，但这是一个很大的压力...

snakemake sungridengine

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