rdkit：如何显示分子的原子数/索引

Question

你好1 我试图使用 rdkit pack 来完成在 Jupyter Notebook 、“import IPython.core.interactiveshell”和“import InteractiveShell”以及“from rdkit.Chem.Draw import DrawingOptions”包中显示分子原子数/索引的工作，然后我使用“DrawingOptions.includeAtomNumbers=True”来处理它，但结果根本不显示原子索引。 不知道是什么原因导致原子数没有显示。 所以我想请您给出一个合适的答案。 非常感谢！

Answer 1

分子中的原子数有三种显示方式。

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole

def show_atom_number(mol, label):
    for atom in mol.GetAtoms():
        atom.SetProp(label, str(atom.GetIdx()+1))
    return mol

1。代替原子

mol = Chem.MolFromSmiles('c1ccccc(C(N)=O)1')
show_atom_number(mol, 'atomLabel')

2。与原子一起

mol = Chem.MolFromSmiles('c1ccccc(C(N)=O)1')
show_atom_number(mol, 'molAtomMapNumber')

3.在原子之上

mol = Chem.MolFromSmiles('c1ccccc(C(N)=O)1')
show_atom_number(mol, 'atomNote')

如果您想更改要显示的数字，请根据您的要求更改部分

str(atom.GetIdx()+1)

。查看我的博客文章以获取更详细的解释这里

Answer 2

这在 Jupyter Notebook 中对我有用：

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
from rdkit.Chem import Draw

smiles = 'O=C(C)Oc1ccccc1C(=O)O'
mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)
Draw.MolToImage(mol, includeAtomNumbers=True)

更新

从版本

2020.03.1

开始，这不再起作用。

但是你可以直接注释原子。

from rdkit import Chem

smiles = 'O=C(C)Oc1ccccc1C(=O)O'
mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)
for atom in mol.GetAtoms():
    atom.SetProp('atomLabel',str(atom.GetIdx()))

Answer 3

2020.03.2.0版本你可以尝试一下

from rdkit.Chem.Draw import rdMolDraw2D
from rdkit import Chem

mol = Chem.MolFromSmiles('c1ccccc1O')
d = rdMolDraw2D.MolDraw2DCairo(250, 200)
d.drawOptions().addAtomIndices = True
d.DrawMolecule(mol)
d.FinishDrawing()
with open('atom_annotation_1.png', 'wb') as f:   
    f.write(d.GetDrawingText())