使用ggplot（从excel导入的数据集）使用错误栏分组的条形图

Question

我是R和统计学的新手。我正在尝试使用ggplot创建一个带有组均值和sd误差条的分组条形图。我从excel（xlsx）导入了数据集。

基本上，在两个处理（温度）c＆w中有两种植物（Var）p＆c并且测量它们的水分。我正在尝试用手段和错误栏制作一个条形图，分组为pc，pw和sc，sw。我能够制作一个条形图，但是我坚持使用的错误栏。当我尝试单独计算sd然后将其用作geom_errorbar中的限制时，它显示错误：美学必须是长度1或与数据（112）相同：ymax，ymin。我真的不知道还能做什么。

虚拟数据 -

Var            Temp    moisturep
Purple Teepee  cool    89.01974
Purple Teepee  cool    80.87346
Safari         cool    78.97458
Safari         cool    86.98475
Purple Teepee  warm    98.98734
Purple Teepee  warm    98.76593
Safari         warm    87.98745
Safari         warm    90.45870

代码 -

data <- pgpr

temp.mean <- t(tapply(data$moisturep,
                      list(data$Var, data$Temp),
                      mean))

temp.sd <- t(tapply(data$moisturep,
                    list(data$Var, data$Temp),
                    sd))

limits <- aes(ymax = temp.mean + temp.sd,
              ymin = temp.mean - temp.sd)


ggplot(data, 
       aes(fill = data$Temp,
           x = data$Var,
           y = data$moisturep)) +
  geom_bar(position = "dodge", 
           stat = "summary", 
           fun.y = "mean") +
  geom_errorbar(limits, 
                position = position_dodge(0.9),
                width = 0.25)

Answer 1

其中一种方法是：我首先计算均值和标准误差，然后将它们放在聚合数据帧中。

library(ggplot2)

agg <- aggregate(moisturep ~ Var + Temp, pgpr, mean)
tmp <- aggregate(moisturep ~ Var + Temp, pgpr, sd)
names(tmp)[3] <- "StdErr"
agg <- merge(agg, tmp)
rm(tmp)

ggplot(agg, 
       aes(x = Var,
           y = moisturep,
           fill = Temp)) +
  geom_bar(stat = "identity",
           position = "dodge") +
  geom_errorbar(aes(ymin = moisturep - StdErr, ymax = moisturep + StdErr), 
                position = position_dodge(0.9),
                width = 0.25)

dput格式的数据。

pgpr <-
structure(list(Var = structure(c(1L, 1L, 2L, 2L, 1L, 1L, 2L, 
2L), .Label = c("Purple Teepee", "Safari"), class = "factor"), 
Temp = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L), 
.Label = c("cool", "warm"), class = "factor"), 
moisturep = c(89.01974, 80.87346, 78.97458, 86.98475, 
98.98734, 98.76593, 87.98745, 90.4587)), 
class = "data.frame", row.names = c(NA, -8L))

Answer 2

您不必单独计算sd。

您可以在geom_errorbar中使用stat ='summary'：

ggplot(data=mtcars, aes(x=gear, y=hp)) + geom_bar(stat='summary') + geom_errorbar(stat='summary', width=.2)