为什么 geom_raster() 没有在我的热图中显示好的列顺序？

Question

我使用双三角矩阵 (10x10) 表示这些变量之间的 2 种相关性。 数据集就像这样（4x4）。

ff <- data.frame(Var1=as.factor(c("V1", "V2", "V3","V4", "V1", "V2", "V3","V4", "V1", "V2", "V3","V4", "V1", "V2","V3","V4")),
                 Var2=as.factor(c("V1", "V1", "V1", "V1", "V2", "V2", "V2", "V2", "V3", "V3","V3","V3", "V4", "V4", "V4","V4")),
                 value=c(NA, 0.1, 0.2, 0.2, 
                         0.4, NA, 0.3, 0.4, 
                         0.5, 0.5, NA, 0.3,
                         0.2, 0.3, 0.3, NA))

然后我使用 ggplot2 中的 geom_raster 函数获得 2 个色阶（每个三角矩阵 1 个）+ 灰色单位对角线的颜色（即不存在的同一变量 (NA) 之间的相关性）。我使用了与上一篇文章相同的代码（具有不同颜色和比例 R 的两个对称矩阵上的单个热图）

ggplot(ff, aes(Var1, Var2)) +
  # The first layer, with its own fill scale
  geom_raster(
    data = ~ subset(.x, as.numeric(Var1) > as.numeric(Var2)),
    aes(fill = value)
  ) +
  scale_fill_distiller(palette = "Blues") +
  # Declare new fill scale for the second layer
  new_scale_fill() +
  geom_raster(
    data = ~ subset(.x, as.numeric(Var1) < as.numeric(Var2)),
    aes(fill = value)
  ) +
  scale_fill_distiller(palette = "Reds", direction=-1) +
  # I'm not sure what to do with the diagonal. Make it grey?
  new_scale_fill() +
  geom_raster(
    data = ~ subset(.x, as.numeric(Var1) == as.numeric(Var2)),
    aes(fill = value)
  ) +
  scale_fill_distiller(palette = "Greys", guide = "none")

但是，我有点失望，因为正如您在我的输出中看到的（如下），我得到的图表的最终显示存在问题：

正如你所看到的，我期望的第一栏现在是最后一栏，我不知道该怎么办。 我尝试重新排序因子变量的级别，但它没有解决问题。 如果有人能帮助我应对这个挑战（对我来说！），我将非常感激

提前非常感谢！

Answer 1

问题来自于绘制热图的第一部分 (Var1 > Var2)。在这种情况下，Var1（x 轴）从 V2 开始。然后，当您绘制第二个时，因为 x 轴是离散的，所以它向右，V1 向右。

首先，一种巧妙的方法是绘制灰色（或您想要的任何颜色）热图作为背景，然后绘制三角形热图：

ggplot(ff, aes(Var1, Var2)) +
    geom_raster(fill = "darkgrey") +
    # The first layer, with its own fill scale
    geom_raster(
        data = ~ subset(.x, as.numeric(Var1) > as.numeric(Var2)),
        aes(fill = value)
    ) +
    scale_fill_distiller(palette = "Blues") +
    # Declare new fill scale for the second layer
    new_scale_fill() +
    geom_raster(
        data = ~ subset(.x, as.numeric(Var1) < as.numeric(Var2)),
        aes(fill = value)
    ) +
    scale_fill_distiller(palette = "Reds", direction=-1)

第二种方法是使用scale_x_discrete重新排序x轴：

ggplot(ff, aes(Var1, Var2)) +
    # The first layer, with its own fill scale
    geom_raster(
        data = ~ subset(.x, as.numeric(Var1) > as.numeric(Var2)),
        aes(fill = value)
    ) +
    scale_fill_distiller(palette = "Blues") +
    # Declare new fill scale for the second layer
    new_scale_fill() +
    geom_raster(
        data = ~ subset(.x, as.numeric(Var1) < as.numeric(Var2)),
        aes(fill = value)
    ) +
    scale_fill_distiller(palette = "Reds", direction=-1) +
    scale_x_discrete(limits = c("V1", "V2", "V3", "V4"))

抱歉，我丢失了对角线部分，它在我的计算机上不起作用，但在第一个示例中，您可以自定义以对角线结束的背景颜色。

我希望这能解决您的问题。