看起来这就是我理解的数字矩阵。 (它仅包含值 0、1 和 2) 稀疏矩阵是使用 sim1000G 包创建的:
get_genotype=function(vcf_path){
vcf = readVCF( vcf_path ,min_maf = NA, max_maf = NA,maxNumberOfVariants = 10000)
startSimulation(vcf, totalNumberOfIndividuals = 3010)
ids = generateUnrelatedIndividuals(3000)
genotype = retrieveGenotypes(ids)
return(genotype)
}
genotype_HLA_DRB5=get_genotype("HLA_DRB5.vcf")
dim(genotype_sorcs)
[1] 3000 3984
我想做的是转换第二个矩阵,这样它就不会是大矩阵,但看起来像第一个矩阵,含义:num[1:3000,1:3984]
我试过这个:
genotype_sorcs=as.numeric(genotype_sorcs)
但它没有产生所需的输出。很高兴获得您的帮助
mode(genotype_sorcs)="numeric"
改变它