弗里德曼测试返回错误：不是未复制的完整块设计。我该如何解决这个问题？

Question

无论我尝试什么，当我尝试在 R 中执行弗里德曼测试时，我总是收到错误“不是未复制的完整块设计”。 我有一个数据集，其中包含我计算的不同灌木种类的花卉访问总数，然后将其分为不同的类别（位置）。由于数据不满足双向方差分析假设，我转向弗里德曼检验。我的数据框如下：

> diversity_columns
# A tibble: 74 × 3
   Category_ID Species         Total_visits
   <fct>       <fct>                  <dbl>
 1 UN          Common hawthorn           22
 2 UN          Common hawthorn           42
 3 UN          Common hawthorn            3
 4 UN          Common hawthorn           13
 5 UN          Common hawthorn           76
 6 UN          Common hawthorn           95
 7 UN          Common hawthorn           53
 8 RN          Common hawthorn           50
 9 RN          Common hawthorn           18
10 UN          Common hawthorn            6

Category_IN 的标签为“RA”、“RN”和“UN”，物种的标签为“普通山楂”、“黑莓”和“玫瑰”

我尝试了以下命令：

friedman.test(Total_visits ~ Category_ID | Species, data = diversity_columns)

但是，我得到了这个错误：

Error in friedman.test.default(mf[[1L]], mf[[2L]], mf[[3L]]) : 
  not an unreplicated complete block design

我已经尝试使用函数 as.matrix 转换我的数据集：

as.matrix(diversity_columns)

我也尝试将我的变量转化为因子：

Shannon_diversity$Species <- factor(Shannon_diversity$Species)
Shannon_diversity$Category_ID <- factor(Shannon_diversity$Category_ID)

Answer 1

这表明您至少缺少 Species/Category.ID 六个交叉类别中的一个。

您可以使用

table

:

查看缺少哪些内容

with(diversity_columns, table(Category_ID, Species))

我可以使用内置的

warpbreaks

数据集复制此错误。

wb <- aggregate(warpbreaks$breaks,
                by = list(w = warpbreaks$wool,
                          t = warpbreaks$tension),
                FUN = mean)
wb

---

  w t        x
1 A L 44.55556
2 B L 28.22222
3 A M 24.00000
4 B M 28.77778
5 A H 24.55556
6 B H 18.77778

friedman.test(x ~ w | t, data = wb)

---

    Friedman rank sum test

data:  x and w and t
Friedman chi-squared = 0.33333, df = 1, p-value = 0.5637

这有效。现在从 wb 中删除其中一行：

wb2 <- wb[-2,]
with(wb2, table(w, t))

---

   t
w   L M H
  A 1 1 1
  B 0 1 1

friedman.test(x ~ w | t, data = wb2)
#Error in friedman.test.default(mf[[1L]], mf[[2L]], mf[[3L]]) : 
  #not an unreplicated complete block design