Snakemake要求规则使用非零退出代码退出，即使使用“ ||真正的”？

Question

我的makemake管道断言，只要我运行任何规则，我的代码都会引发非零的退出代码，即使如果我手动运行相同的确切代码，我的代码也会返回错误代码0，并且在Snakemake中运行时，它可以正常正常运行。

[根据this question的建议，我尝试在snakemake规则中将|| true附加到shell命令，将规则从看起来像更改为

rule rulename:
    input:
        "input/file"
    output:
        "output/file"
    shell:
        "python3.7 scripts/script.py {input} {output}"

到

rule rulename:
    input:
        "input/file"
    output:
        "output/file"
    shell:
        "python3.7 scripts/script.py {input} {output} || true"

但是，当我重新运行管道时，snakemake仍然会出错并说(exited with non-zero exit code)，即使最后的|| true将确保此命令始终返回退出代码0。

snakemake在做什么导致这种情况？作为参考，我将python 3.7.0与snakemake 5.5.0结合使用，并且如果相关，我使用的服务器具有Ubuntu 16.04.5。

Answer 1

我在Snakemake中运行docker而不将我的用户名传播到容器时遇到了这个问题。该脚本可以运行，但是如果Snakemake无法以您的用户身份触摸输出，它将返回此隐式错误。