将R降价参数传递到源R脚本

Question

我有一个Shiny应用程序，用户可以在其中选择传递到参数化R降价报告的选项。然后，Rmd会提供一系列R脚本，以提取和汇总数据，为报告创建图等。

我提供的提取数据的脚本包括一个参数化的SQL查询，该查询从R markdown params继承值（该值又从Shiny input继承）。但是，整个过程到此为止，我收到一条错误消息，指出params不存在。

我可以肯定地说，将输入从Shiny传递到R markdown参数是正常的-因此看来问题是将它们传递给源脚本（注意：这只是R脚本，而不是函数）。我猜想这与脚本源时正在访问的环境有关（尽管它使用的是在R标记中的上一个块中生成的数据库连接，而没有任何问题）-但除此之外，在如何纠正这一点。任何想法将不胜感激。

这里是闪亮的应用程序：

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# SHINY APP - USER INTERFACE:

ui = fluidPage (
    selectInput("pathogen", "Enter pathogen of interest:", c("Campylobacter" = "Campylobacter", "Escherichia" = "Escherichia",
                "Salmonella" = "Salmonella", "Shigella" = "Shigella"), selected = "Salmonella" ),

    radioButtons("pkginstall", "Install required packages?",  c("Yes" = "yes", "No" = "no"),selected = "yes"),

    downloadButton("report", "Generate report")
)


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# SHINY APP - SERVER LOGIC:

#fileInput("download_location","Select File Location"),
server = function(input, output) {
    # Create the output: 
    output$report = downloadHandler(

      filename = paste0("Pathogen Report ", input$pathogen, "_", format(Sys.time(),"%d-%b-%Y %H.%M"), ".html"),

      content = function(file) {

        # Copy the .Rmd to a temporary directory:
        tempReport <- file.path(tempdir(), "Pathogen_Report.Rmd")
        file.copy("Pathogen_Report.Rmd", tempReport, overwrite = TRUE)


        # Set up parameters to pass to Rmd document:
        params <- list(pathogen = input$pathogen, pkginstall = input$pkginstall)

        # Define name of report:
        outname <- paste0("Pathogen Report ", input$pathogen, "_", format(Sys.time(),"%d-%b-%Y %H.%M"), ".html") 

        # Knit the document:
        created_filename <- rmarkdown::render(input = tempReport, 
                          output_file = outname, 
                          params = params,
                          envir = new.env(parent = globalenv())
                          )
        file.rename(created_filename, file)
      }
    )
  }

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# SHINY APP - RUN:

# Run app:
shinyApp(ui =ui, server=server)

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这是R markdown YAML标头：

---
params:
  pathogen: 
    label: "Enter pathogen of interest:" 
    value: Shigella
    input: select
    choices: [Campylobacter, Escherichia, Salmonella, Shigella]
title: "Pathogen Report"
date: "`r format(Sys.time(), '%d %B %Y')`"
output: 
  phecharts::html_phe:
    includes:
      in_header: phe_logo.html
---

以及有关R脚本的相关代码块：

{r, GDW Query, echo=FALSE, cache=FALSE, message=FALSE, warning=FALSE, results='hide'}
####################################################################
# QUERY DATABASE AND EXTRACT DATA 

source("Extract_data.R")

[Extract_data.R包含一个SQL查询，其中病原体名称应替换为从R markdown参数继承的病原体名称：

# Example SQL to PostgreSQL database:
query <- "SELECT * FROM table1 WHERE table1.organism ~ '^@pathogen'"

# Substituting pathogen for pathogen name from R markdown parameters:
query <- gsub("@pathogen", params$pathogen, query)

# Executing the query:
mydata <- data.table(RPostgres::dbGetQuery(conn = dbcon, statement = query))

注意，通过在此之前的R markdown块中获取另一个脚本，已经成功建立了数据库连接。

这是我得到的错误：

Quitting from lines 84-88 (Pathogen_Report.Rmd) 

Warning: Error in gsub: object 'params' not found
  [No stack trace available]

Answer 1

[查看local（source）中的参数?source。

local TRUE，FALSE或环境，确定在何处评估已解析的表达式。 FALSE（默认）对应于用户的工作空间（全局环境），TRUE对应于调用源的环境。

直接渲染Rmd时，params是默认设置的值，并且您处于全局环境中。这样就可以了：

---
params:
  pathogen: 
    label: "Enter pathogen of interest:" 
    value: Shigella
    input: select
    choices: [Campylobacter, Escherichia, Salmonella, Shigella]
  pkginstall:
    value: no
title: "Pathogen Report"
date: "`r format(Sys.time(), '%d %B %Y')`"
output: html_document
---

```{r GDW Query, echo=TRUE, cache=FALSE, message=FALSE, warning=FALSE, results='hide'}
####################################################################
# QUERY DATABASE AND EXTRACT DATA 
source(Extract_data.R, local=FALSE) # same as source(Extract_data.R)

但是，当通过Rmd运行Shiny App时，您想要在Shiny可以工作的环境中工作，并且想要像粘贴在行中一样来获取外部脚本（请参阅https://shiny.rstudio.com/articles/scoping.html） 。以下应该工作：

---
params:
  pathogen: 
    label: "Enter pathogen of interest:" 
    value: Shigella
    input: select
    choices: [Campylobacter, Escherichia, Salmonella, Shigella]
  pkginstall:
    value: no
title: "Pathogen Report"
date: "`r format(Sys.time(), '%d %B %Y')`"
output: html_document
---

```{r GDW Query, echo=TRUE, cache=FALSE, message=FALSE, warning=FALSE, results='hide'}
####################################################################
# QUERY DATABASE AND EXTRACT DATA 
source(Extract_data.R, local=TRUE)