如何让ggplot自动提取调色板的组数

Question

在具有大量组（例如n> 14）的对象上使用ggplot时，大多数调色板无法应对。函数colorRampPalette能够扩展范围，但要将其嵌入scale_fill_manual，您需要知道唯一组的数量。

有没有办法直接从ggplot自动提取所需的颜色数量？我在下面提供了一个示例，为了使调色板工作，我不得不将组数（14）添加为scale_fill_manual(values = palette_Dark2(14))的参数。

使用scale_fill_brewer绘图

df <- data.frame(group = paste0("Category", 1:14),
             value = 1:28)

library(ggplot2)
ggplot(df, aes(x = group, y = value, fill = group)) + 
  geom_bar(stat = "identity") +
  scale_fill_brewer(palette = "Set1")

警告信息：在RColorBrewer :: brewer.pal（n，pal）：n太大，允许调色板的最大值Set1是9返回你要求的调色板用那么多颜色

使用自定义调色板绘图

这里我在绘图之前指定了一个新的调色板，这是一个有14个步骤的颜色渐变。

library(RColorBrewer)
palette_Dark2 <- colorRampPalette(brewer.pal(14, "Dark2"))

然后我在图中使用它如下：

ggplot(df, aes(x = group, y = value, fill = group)) + 
  geom_bar(stat = "identity") +
  scale_fill_manual(values = palette_Dark2(14))

更新：

我尝试使用length(unique(group))来提取唯一组的数量，但获得了一条错误消息

唯一（组）中出错：找不到对象'组'

在尝试使用length(unique(df$group))时，错误消息是：

错误：手动刻度值不足。需要14个，但只提供1个。另外：警告信息：在brewer.pal（长度（唯一（df $ group）），“Dark2”）：n太大，允许最大调色板Dark2是8返回你要求的调色板用那么多颜色

Answer 1

我对我的上一个答案并不是百分之百满意，所以这个是以更加ggplot的方式完成的。在ggplot包中挖掘code的scales，可以使用discrete_scale函数：

library(ggplot2)
ggplot(df, aes(x = group, y = value, fill = group)) + 
  geom_bar(stat = "identity") +
  discrete_scale("fill", "manual", palette_Dark2)

此代码将自动从指定的美学中提取组的数量，在本例中为“填充”。无需手动指定组的数量，并且看起来相当稳健。例如，增加到包括20组：

df <- data.frame(group = paste0("Category", 1:20),
                 value = 10) 

ggplot(df, aes(x = group, y = value, fill = group)) + 
  geom_bar(stat = "identity") +
  discrete_scale("fill", "manual", palette_Dark2)

Answer 2

这是一个选项，适应上面Felix的建议。首先，调色板在绘图之前制作，从数据帧中提取的组数量：

palette_Dark2 <- colorRampPalette(brewer.pal(14, "Dark2"))
pal <- palette_Dark2(length(unique(df$group)))

ggplot(df, aes(x = group, y = value, fill = group)) + 
  geom_bar(stat = "identity") +
  scale_fill_manual(values = pal)

它仍然不完美，因为之前必须指定调色板并要求在绘图之前选择组。我希望有一个更优雅的方式ggplot可以自动选择它。

注意：我假设代码是一个最小的工作示例，但颜色规范实际上是本例中的冗余信息，因为它只提供了x轴已经显示的内容。

Answer 3

您可以使用scale_fill_identity和left_join在ggplot2中执行此操作，以将填充颜色列映射到group的级别。这个解决方案看起来很丑陋而且不优雅，但它是一种在ggplot2中创建具有正确数量颜色的调色板的方法。

ggplot(df, aes(x = group, y = value, 
               fill=left_join(data.frame(group), 
                              data.frame(group=unique(group),
                                         fill=palette_Dark2(length(unique(group)))))$fill)) + 
  geom_bar(stat = "identity") +
  scale_fill_identity()

Answer 4

另一种可能性是简单地将调色板的整个创建放在scale_fill_manual中

ggplot(df, aes(x = group, y = value, fill = group)) + 
  geom_bar(stat = "identity") +
  scale_fill_manual(values = colorRampPalette(brewer.pal(8, "Dark2"))(length(unique(df$group))))

---

如果你反复这样做并且想避免两次输入'df'和'group'，只需将它包装在一个函数中，然后使用aes_string：

f <- function(df, x, y, group){
  ggplot(df, aes_string(x = x, y = y, fill = group)) + 
    geom_bar(stat = "identity") +
    scale_fill_manual(values = colorRampPalette(brewer.pal(8, "Dark2"))(length(unique(df[[group]]))))
}

f(df, "x", "y", "group")