尝试从给定的DNA序列中获取ORF

Question

我试图获得一个打印输出，其中包含从字符串开头到结尾的所有内容，直到它到达特定系列的字符，例如“TAA”、“TAG”或“TGA”。 我无法让它工作，想知道这里是否有人可以帮助我？？

def get_orf(dna):
'''Function should take an argument (string) and find an ORF'''
stopVar = "TAA" or "TGA" or "TAG"
if argument[0:3] == "ATG":
    return
else: 
    return ""
if stopVar in argument:
    return argument[:argument.find(stopVar)]
else:
    return argument
    
return

# Test Cases
#
# You may wish to add more test cases here
argument = 'ATGTGAA'
computed_result = get_orf( argument )
expected_result = 'ATG'
if ( computed_result == expected_result ):
    print ("Test Case 1: Passed")
else:
    print ("Test Case 1: Failed")
    print ("Expected Result:", expected_result)
    print ("Computed Result:", computed_result)

Answer 1

这是可行的，尽管我不确定你是否想要

return

 如果发现了 

'ATG'

 的情况，这是一个很好的做法，如果函数中的一个 

return

 返回某些内容，那么它们都应该即使是

None

:

def get_orf(dna):
    """Function should take an argument (string) and find an ORF."""
    stopVar = "TAA" or "TGA" or "TAG"
    if dna[0:3] == "ATG":
        return "ATG"
    elif stopVar in dna:
        return dna[:dna.find(stopVar)]
    else:
        return dna

# Test Cases
#
# You may wish to add more test cases here
argument = 'ATGTGAA'
computed_result = get_orf(argument)
expected_result = 'ATG'
if (computed_result == expected_result):
    print ("Test Case 1: Passed")
else:
    print ("Test Case 1: Failed")
    print ("Expected Result:", expected_result)
    print ("Computed Result:", computed_result)

与

argument = 'ATGTGAA'

：

Test Case 1: Passed 与

argument = 'GATGTGAA'

：

Test Case 1: Failed
Expected Result: ATG
Computed Result: GATGTGAA

函数的

docstring

 也带有 

"""Text."""

 而不是单引号，所以我改变了它。