IRanges 输出长度不等于输入

Question

我想创建一个

IRanges

并存在

data.table

ranges <- IRanges::IRanges(
        start = x$position,
        wdith = 1
    )

length(ranges)
[1] 31253

然而，我的

data.table

是一个有31548行的表

> dim(x)
[1] 31548     8

还有

x$position

长度是

> length(x$position)
[1] 31548

Answer 1

我发现这是因为

x$position

中有很多重复的值

sum(duplicated(x$position))
[1] 13998

但我正在尝试通过以下方式创建 GRanges：

GenomicRanges::GRanges(
    seqnames = x$contig,
    ranges = IRanges::IRanges(
        start = x$position,
        wdith = 1
    )

事实上每个重复的

x$position

都有不同的

x$chrom

值，但是

IRanges::IRanges

删除它们，所以它不起作用。

我的旁路解决方案是使用

makeGRangesFromDataFrame

代替