我们的主程序是用java编写的，但从存储中提取数据的代码是用C编写的。我需要从提取的数据构建一个HDF5文件。使用 JNI 调用 C 代码获取数据然后从 Java 构建 HDF5 文件更好还是从 C 代码构建 HDF5 更好？
我对 JNI 或 C 缺乏经验。
我们的主要标准之一是性能。使用 JNI 时会对性能造成多大影响？
函数调用边界“慢”，因此如果您对本机例程进行多次调用，那么性能将会受到影响。
可能从迁移到 JNI 中受益的一个例子（我强调可能，因为 Java 对于许多用途而言速度足够快）将是在大位图上进行某种图像处理的例程。但是为每个pixel调用 JNI 例程会比在纯 Java 中的循环中慢得多。
坦率地说，将数据从一种格式提取到另一种格式最好用Python这样的“脚本”语言来完成，并且永远不会受到CPU的束缚。相反，磁盘速度将比任何语言解释器慢得多。
在我看来，既然你对 C 的经验很少，你最好的选择是使用 Java 来完成它。 JNI 确实没有那么糟糕。
我对C接口以外的HDF接口一点也不熟悉，所以我无法真正为你进行比较。
我想指出的是，这是所有其他接口都使用的 API，因此，如果您发现需要寻求最大性能，那么 C API 将是最好的。
还有一个问题是 API 的哪些部分可供您使用。 例如，我最初是从 C++ 接口开始的。 某些 API 仍然只能在 C API 中使用。 当您使用 C 和 C++ 时，这不是问题，但如果您无法使用所需的 API，则可能会出现问题。
话虽如此，您确实需要充分了解 C 的对象模型：例如。使用指针、句柄等