不一致的文档 - Slurm 配置文件在 Snakemake > 8.0 中不起作用

Question

Snakemake 的 Slurm 配置文件对 Snakamake 版本来说是一个魅力< 8.0. It stoped working since there are few 大的改变和重命名。 具体来说，较新的版本似乎没有检测到标志

cluster-sidecar

、

cluster-cancel

、

cluster

和

cluster-status

。不幸的是，这与 Snakemake 的文档发生冲突。

有人可以向我指出新文档或如何避免这些错误/重命名标志吗？

我尝试运行我的代码（在 7.32.4 版本中完美运行），但遇到了无法识别标志的 Snakemake 问题。

Answer 1

在 Snakemake 8+ 中，您现在必须使用插件

snakemake-executor-plugin-cluster-generic 进行集群执行。

可以在此处找到描述新标志的文档：

https://snakemake.github.io/snakemake-plugin-catalog/plugins/executor/cluster-generic.html