pip install numpy 的问题 - 运行时错误：损坏的工具链：无法链接简单的 C 程序

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我正在尝试将 numpy （以及 scipy 和 matplotlib）安装到 virturalenv 中。

但我不断收到这些错误：

RuntimeError: Broken toolchain: cannot link a simple C program

----------------------------------------
Cleaning up...
Command python setup.py egg_info failed with error code 1

我安装了 xcode 的命令行工具

$ which gcc
/usr/bin/gcc
$ which cc
/usr/bin/cc

我使用的是 Mac OSX 10.9 使用brew安装的python

编辑
是的，正在尝试使用 pip 安装。
整个回溯非常巨大（>400 行）

这是其中的一部分：

C compiler: cc -fno-strict-aliasing -fno-common -dynamic -arch x86_64 -arch i386 -g -Os -pipe -fno-common -fno-strict-aliasing -fwrapv -mno-fused-madd -DENABLE_DTRACE -DMACOSX -DNDEBUG -Wall -Wstrict-prototypes -Wshorten-64-to-32 -DNDEBUG -g -fwrapv -Os -Wall -Wstrict-prototypes -DENABLE_DTRACE -arch x86_64 -arch i386 -pipe



compile options: '-Inumpy/core/src/private -Inumpy/core/src -Inumpy/core -Inumpy/core/src/npymath -Inumpy/core/src/multiarray -Inumpy/core/src/umath -Inumpy/core/src/npysort -Inumpy/core/include -I/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/include/python2.7 -c'

cc: _configtest.c

clang: error: unknown argument: '-mno-fused-madd' [-Wunused-command-line-argument-hard-error-in-future]

clang: note: this will be a hard error (cannot be downgraded to a warning) in the future

clang: error: unknown argument: '-mno-fused-madd' [-Wunused-command-line-argument-hard-error-in-future]

clang: note: this will be a hard error (cannot be downgraded to a warning) in the future

failure.

removing: _configtest.c _configtest.o

Traceback (most recent call last):

  File "<string>", line 17, in <module>

  File "/Users/bdhammel/Documents/research_programming/julia_env/build/numpy/setup.py", line 192, in <module>

    setup_package()

  File "/Users/bdhammel/Documents/research_programming/julia_env/build/numpy/setup.py", line 185, in setup_package

    configuration=configuration )

  File "/Users/bdhammel/Documents/research_programming/julia_env/build/numpy/numpy/distutils/core.py", line 169, in setup

    return old_setup(**new_attr)

  File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/distutils/core.py", line 152, in setup

    dist.run_commands()

  File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/distutils/dist.py", line 953, in run_commands

    self.run_command(cmd)

  File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/distutils/dist.py", line 972, in run_command

    cmd_obj.run()

  File "/Users/bdhammel/Documents/research_programming/julia_env/build/numpy/numpy/distutils/command/egg_info.py", line 10, in run

    self.run_command("build_src")

  File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/distutils/cmd.py", line 326, in run_command

    self.distribution.run_command(command)

  File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/distutils/dist.py", line 972, in run_command

    cmd_obj.run()

  File "/Users/bdhammel/Documents/research_programming/julia_env/build/numpy/numpy/distutils/command/build_src.py", line 153, in run

    self.build_sources()

  File "/Users/bdhammel/Documents/research_programming/julia_env/build/numpy/numpy/distutils/command/build_src.py", line 164, in build_sources

    self.build_library_sources(*libname_info)

  File "/Users/bdhammel/Documents/research_programming/julia_env/build/numpy/numpy/distutils/command/build_src.py", line 299, in build_library_sources

    sources = self.generate_sources(sources, (lib_name, build_info))

  File "/Users/bdhammel/Documents/research_programming/julia_env/build/numpy/numpy/distutils/command/build_src.py", line 386, in generate_sources

    source = func(extension, build_dir)

  File "numpy/core/setup.py", line 674, in get_mathlib_info

    raise RuntimeError("Broken toolchain: cannot link a simple C program")

RuntimeError: Broken toolchain: cannot link a simple C program
python numpy virtualenv pip
13个回答
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对于 Docker (Alpine) 和 Python 3.x，这对我有用：

RUN apk add --update make automake gcc g++ subversion python3-dev
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虽然丑陋，但似乎有用

sudo ARCHFLAGS=-Wno-error=unused-command-line-argument-hard-error-in-future pip install --upgrade numpy

请注意，如果您在 numpy 以外的包（例如 lxml）中遇到此错误，请在命令末尾指定该包名称而不是 

numpy
。

我看到有人在安装 gem 时遇到了类似的问题

Ruby Gem 安装 Json 在 Mavericks 和 Xcode 5.1 上失败 - 未知参数：'-multiply_definesuppress'

这只是一个临时修复，在某些时候必须修复编译器选项

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问题是你无法编译。

首先，请确保您已接受 Xcode 的新条款和条件。为此，只需打开 xCode 并接受即可。

然后，尝试使用

安装 gcc 
brew install gcc

最后，尝试使用

安装 Numpy 
pip install numpy

希望这有帮助。

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如果您不想使用 sudo（因此使用 venv 时会保留权限和类似内容），您可以将 ARCHFLAGS 声明添加到 .bash_profile 中，然后正常运行。这对我来说对 Mavericks 和 Xcode 5.1 以及 venv 有用：

在~/.bash_profile中：

导出 ARCHFLAGS=-Wno-error=未使用的命令行参数-未来的硬错误

然后，只需运行命令：

pip install --升级 numpy

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如果您运行的是 Linux 发行版，则可能需要 C 编译器，尤其是当您看到像 

sh: gcc: command not found
这样的明显日志行时。 您可以按照此处的说明进行操作，我将其总结如下：

  • Fedora、Red Hat、CentOS 或 Scientific Linux

    # yum groupinstall 'Development Tools'

  • Debian 或 Ubuntu Linux

    $ sudo apt-get update
 $ sudo apt-get install build-essential manpages-dev

然后你可以尝试重新运行：

sudo pip install numpy
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就我而言，这发生在 docker 构建期间。问题是基础镜像没有固定到特定的 python 版本，并且 numpy 无法使用新版本进行编译。

FROM python:3-slim  # BAD

我将其更改为以下内容后，它起作用了：

FROM python:3.8-slim  # GOOD

记住修复您的版本！ :-)

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我只需打开 XCode 并接受协议并让它安装工具即可。 然后我回到 PyCharm 并再次安装 numpy，没有任何问题。

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在 Fedora 22 上，这是通过更新 pip 本身解决的： 

sudo pip install --upgrade pip

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对于遇到类似问题的 Fedora 用户，请尝试安装这些软件包：

（如果不使用 python3，请使用 python-devel 和 pip 而不是 pip3）

sudo dnf install python3-devel
sudo dnf install make automake gcc gcc-c++ gcc-gfortran
sudo dnf install redhat-rpm-config
sudo dnf install subversion

那就试试吧

sudo pip3 install numpy
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在某些情况下，OS X 升级 XCode 后，XCode 会要求用户（具有管理权限）接受新的许可证。在接受许可证之前，clang 和 gcc 在尝试编译和链接代码时将发出错误。或者至少是 python 包。

如果您启动 XCode 并接受许可证，则不会再出现错误。

至少，对我来说是这样。

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错误：

运行时错误：工具链损坏：无法链接简单的 C 程序

意味着它要么无法找到您的 C 编译器，要么在链接简单的 C 程序时遇到问题。

演示 docker 演练，让 Python2/pip 消除该错误：

将此演示限制在只读 Docker 映像中，可以帮助我们无所畏惧地发出破坏操作系统的根级别命令，并每次都重新开始：

#download a read only docker image that doesn't have gcc installed:
docker pull frolvlad/alpine-python2

#check the version of pip and python:
docker run --rm frolvlad/alpine-python2 pip --version
#pip 20.3.4 from /usr/lib/python2.7/site-packages/pip (python

尝试 pip install numpy，你不能，因为 pip 需要 gcc:

docker run --rm frolvlad/alpine-python2 pip install --user numpy
#...
#RuntimeError: Broken toolchain: cannot link a simple C program

gcc 显然没有安装：

docker run --rm frolvlad/alpine-python2 which gcc
#empty output, gcc is not installed

安装它，现在二进制文件 /usr/bin/gcc 已存在：

docker run --rm frolvlad/alpine-python2 sh -c "apk update && apk add make automake gcc g++ subversion python2-dev && which gcc"
#/usr/bin/gcc

对堆叠终端命令表示歉意，但这是一个只读图像，因此每次都必须重做所有内容：

现在 pip 可以使用 gcc 并为 python2 安装 numpy:

docker run --rm frolvlad/alpine-python2 sh -c "apk update && apk add make automake gcc g++ subversion python2-dev && pip install numpy && python -c 'import numpy as np; print(np.__name__, np.__version__)'"
# ...
#Successfully installed numpy-1.16.6
#('numpy', '1.16.6')

我们处于一个好的位置，所以冻结 docker 镜像并重命名它。

docker images
#choose the most recent container id: 751420a548c1:latest and rename it:
docker commit 751420a548c1:latest frolvlad/alpine-python2_numpy

现在你有了一个新的只读 docker 镜像，其中包含 python2、pip 和更新的 1.16.6 numpy，准备好像 2005 年一样运行旧版 python2 软件：

docker run --rm frolvlad/alpine-python2_numpy python -c 'import numpy as np; print(np.__name__, np.__version__)'
#('numpy', '1.16.6')

或者使上述命令更简单和顺序：

在 

-it
上使用 
docker run
标志，这意味着从 docker 镜像打开交互式终端：

$ docker run -it frolvlad/alpine-python2_numpy sh
/ > python2 -c 'import numpy as np; print(np.__version__)'
1.16.6
/ > which gcc
/usr/bin/gcc
/ > python2 -c 'import numpy as np; print(np.zeros(3))'
[0. 0. 0.]
/ > echo "headward free now to rise"; exit;

随着 python2 软件包进一步陷入古老的历史，pip 必须配置为指向您的私有 python2 软件包存储库 url。

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我通过在 Dockerfile 中使用 Conda 而不是 pip 解决了这个问题： 

FROM continuumio/miniconda3:latest

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旧线程，我的问题是我没有安装 Xcode。下面解决了。

xcode-select --install
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