我可以在pybel中捕获格式转换过程中的警告消息吗？

Question

我有一个 SMILES 格式的分子列表，我正在将其转换为 InChIKey 格式。然而，其中一些正在发出警告。我希望能够生成一个文件，显示在转换每个分子的过程中生成的警告，以便团队成员可以查看它们。是否可以以编程方式捕获这些消息，而不仅仅是记录它们？

说明我希望能够做什么的片段：

import pybel

smiles = pybel.readfile('smi', 'smiles.txt')
converted = []
for mol in smiles:
    smiles_str = mol.write('smiles')
    inchikey_str = mol.write('inchikey')
    warnings = None # Is there something I can do here to capture the warnings?
    converted.append((smiles_str, inchikey_str, warnings))

Answer 1

在研究了许多来源（例如chemistry、github和stackoverflow）之后，我还没有找到一种方法将代码添加到现有脚本中，以便将

pybel

警告重定向到日志文件。 不过，我可以通过使用

script

为您提供一个可能的解决方案。通过修改您的代码：

import pybel

smiles = pybel.readfile('smi', 'smiles.txt')
converted = []
for mol in smiles:
    print(mol)
    smiles_str = mol.write('smiles')
    inchikey_str = mol.write('inchikey')

使用命令运行：

script -c "python smiles2sdf.py" log.txt

它将在执行过程中将终端上显示的所有内容输出到log.txt。此功能使我们谨慎选择屏幕上显示的内容。

有关此套件的更多信息位于此处。