snakemake 运行 Snakefile 时出现 MissingOutputException

Question

当我运行snakemake时出现此错误。

snakemake.exceptions.MissingOutputException: Job 160  completed 
successfully, but some output files are missing. Missing files after 60 
seconds. This might be due to filesystem latency. If that is the case, 
consider to increase the wait time with --latency-wait:
TL_UB60.sam

我像这样使用snakefile

configfile:
    "samples.json"

samples = config["samples"]

rule all:

    input:
        expand("{sample}.sam", sample=samples),
        expand("{sample}.bam", sample=samples),
        expand("{sample}.bam.bai", sample=samples)

rule make_bam:

    input:
        ref="reference.c1.c2.fasta",
        r1="{sample}.r1.fq.gz",
        r2="{sample}.r2.fq.gz"

    output:
        sam="{sample}.sam",
        bam="{sample}.bam",
        bai="{sample}.bam.bai"

    shell:
        """
        bbmap.sh sam=1.3 in1={input.r1} in2={input.r2} out={output.sam} ref={input.ref} nodisk \
        && samtools view -Sb -q 4 {output.sam} >  {output.bam} \
        &&  samtools sort {output.bam} -o {output.bam} \
        && rm {output.sam}

        samtools index {output.bam} > {output.bai}
        """

并运行命令行

snakemake -s snakefile --cores 24 --latency-wait 60

但是它不起作用。我不知道为什么。任何人都可以帮助我！

我尝试过更改时间等待，但还是不行。
我是新手所以很难解决这样的问题。

Answer 1

我不知道你的工具链应该做什么（或者snakemake是如何工作的），但你定义了一个输出：

sam="{sample}.sam"

，你首先创建它，然后在shell部分删除

rm {output.sam}

。

我认为这可能就是该工具抱怨缺少的内容？