用--profile替换--cluster-config

Question

Snakemake的最新版本（v5.10.10）说cluster configuration has been deprecated，建议改用profiles。但是，我没有任何有关此操作的文档。

如何将以下群集配置（snakemake doc中使用的example转换为配置文件？

{
    "__default__" :
    {
        "account" : "my account",
        "time" : "00:15:00",
        "n" : 1,
        "partition" : "core"
    },
    "compute1" :
    {
        "time" : "00:20:00"
    }
}

Answer 1

使用此链接，您应该能够找到适合您的个人资料。我同意文档并没有非常清楚地说明如何进行迁移。

https://github.com/snakemake-profiles/doc