如何使用 SimpleITK 以相反顺序（按切片位置）对 DICOM 图像进行排序？

Question

我是 SimpleITK 的新手，所以我非常感谢任何帮助！我的问题是针对 SimpleITK （不是 Pydicom）的。

我从目录导入 CT DICOM 切片并使用 SimpleITK 打开它们。切片按切片位置排序。我想知道是否可以颠倒图像的顺序？我确信在获取图像数组并对其进行操作后我可以做到这一点。但是在获取图像数组之前是否可以颠倒顺序？

这是我正在使用的代码：

import SimpleITK as sitk

dir_name = "Directory of the Folder that contains individual DICOM slices"
reader = sitk.ImageSeriesReader()
filenames = reader.GetGDCMSeriesFileNames(dir_name)
reader.SetFileNames(filenames)
reader.MetaDataDictionaryArrayUpdateOn() # to get metadata
image_import = reader.Execute()
image_array = sitk.GetArrayFromImage(image_import) # getting the image array

我想我可以通过操纵

image_array

按相反的顺序排序，但我想知道是否有其他方法可以预先做到这一点。 （我认为另一种方法对于图像配准很有用。）

Answer 1

SimpleITK 有一个 FlipImageFilter 类或 Flip 函数，您可以使用它来反转 Z。读取图像后添加以下行：

image_import = sitk.Flip(image_import, [False, False, True])

布尔数组告诉函数不要翻转 X 或 Y，而只翻转 Z。