在大数据框架上运行Fisher测试

Question

我有一个大数据框架，上面有1000列。其中很少有人是班级

integer

，很少有班级

character

，我想在所有列上运行

fisher test

，并且尝试了几种方法，但是执行从未通过，最终我不得不中止R Studio。如何做？ 我正在尝试遵循方式。

com <- data.frame(t(combn(colnames(MIBCMETAdf), 2)))
head(com)
fisher_tests <- apply(com, 1, function(i) {
  tryCatch(fisher.test(table(MIBCMETAdf[, i])), error=function(e) NA_real_)
})
E_table <- cbind(com, t(sapply(fisher_tests, "[", c("p.value", "estimate"))))
head(E_table)
colnames(E_table)

Answer 1

instead

combn

，尝试

RcppAlgos::comboGeneral

。

> tictoc::tic()
> r <- RcppAlgos::comboGeneral(names(MIBCMETAdf), 2, FUN=\(j, ...) {
+   unlist(fisher.test(table(MIBCMETAdf[, j]))[c("p.value", "estimate")])
+ }) |> do.call(what='rbind')
> tictoc::toc()
148.691 sec elapsed
> head(r)
       p.value estimate.odds ratio
[1,] 0.8437265           0.9174655
[2,] 0.1685111           1.7551113
[3,] 0.4261868           0.7149415
[4,] 0.5556475           1.2732325
[5,] 0.3126351           0.6215150
[6,] 0.4205574           1.4820226

您可以稍后添加

t(combn(colnames(MIBCMETAdf), 2))

列。

data：

---

m <- 100; n <- 1000
MIBCMETAdf <- as.data.frame(matrix(sample.int(2, m*n, replace=TRUE), ncol=n))