使用biopython查询NCBI不同物种的基因组版本

Question

从

base_entrez_fetch

读取 NCBI 输出时，不同物种的基因组版本似乎存储方式不同。

例如，在Danio rerio中，可以在以下位置找到：

test = base_entrez_fetch('gene', gene_id, rettype='gb', retmode='xml', max_list_len=3000)

version = test[0][0]['Entrezgene_locus'][0]['Gene-commentary_heading'] 

但是，相同的索引 (

[0][0]['Entrezgene_locus'][0]['Gene-commentary_heading']

) 不会返回不同物种的基因组版本，例如 Homo sapiens。我正在研究各种物种，我想知道是否有一种方法可以一致地检索这些物种的基因组版本。

Answer 1

base_entrez_fetch

不是 Biopython 的函数。然而，entrez 基因似乎带有 Homo sapiens 基因的组装信息。

# file efetch.py
from Bio import Entrez

Entrez.email = "[email protected]"

gene = next(
    Entrez.parse(
        Entrez.efetch(
            db='gene',
            id=11283,
            rettype='gb',
            retmode='xml',
            max_list_len=1
        )
    )
)

print(
    gene['Entrezgene_locus'][0]['Gene-commentary_heading']
)

% python efetch.py 
Reference GRCh38.p14 Primary Assembly

% pip show biopython
Name: biopython
Version: 1.83
Summary: Freely available tools for computational molecular biology.
Home-page: https://biopython.org/
Author: The Biopython Contributors
Author-email: [email protected]
License: 
Location: /Users/user/venvbiopython/lib/python3.12/site-packages
Requires: numpy
Required-by: