从`glm.nb()`恢复`init.theta`

Question

当

不是

用户指定时，

glm.nb()

会自动计算init.theta。

但是我似乎无法恢复用户指定的

init.theta

。当查询

model

对象时，我获得

init.theta

作为

5.028696

。这与用户未指定

init.theta

时使用的值一致。

如何恢复自己指定的值？在这种情况下，它是

10^6

。

set.seed(54321)

n <- 500

initial_theta <- 10^6

input_data <- data.frame(
  group = sample(letters[1:4], size = n, replace = TRUE),
  y = rnbinom(n, size = 5, mu = 2)
)

user_model <- MASS::glm.nb(
    formula = y ~ group,
    data = input_data,
    init.theta = initial_theta
  )

auto_model <- MASS::glm.nb(
    formula = y ~ group,
    data = input_data
  )

user_model$call$init.theta
#> [1] 5.028696

auto_model$call$init.theta
#> [1] 5.028696

^{创建于 2024-07-16，使用 reprex v2.1.0}

Answer 1

查看源代码，这似乎不可能，

init.theta

参数只是被覆盖：

Call$init.theta <- signif(as.vector(th), 10)

其中

th

是最初估计的 theta，由

theta.ml()

提供

init.theta

用于初始拟合，并且可以跟踪整个迭代过程，但令人烦恼的是，返回的

Initial value for 'theta': 

又是

th

。这对我来说似乎很奇怪，但我不是专家。如果这里没有其他人可以判断这是否是故意的，以及在这种情况下为什么，您可以尝试一下 R-devel 邮件列表。

user_model2 <- MASS::glm.nb(
    formula = y ~ group,
    data = input_data,
    init.theta = initial_theta,
    control = glm.control(trace=2)
  )
# Initial fit:
# Deviance = 870.37355 Iterations - 1
# Deviance = 756.80908 Iterations - 2
# Deviance = 754.42813 Iterations - 3
# Deviance = 754.42665 Iterations - 4
# Deviance = 754.42665 Iterations - 5
# Initial value for 'theta': 4.929440
# Deviance = 578.94259 Iterations - 1
# Theta(1) = 4.929440, 2(Ls - Lm) = 578.943000

（您可以设置

trace=3

以获得更详细的信息，但这对我们没有帮助）