自定义使用 ale 包创建的绘图

Question

我开始使用 ale 包从模型自动生成 ggplot 对象。我想删除使用 hlines 自动创建的标签“75%”、“中位数”和“25%”：这是我的图表。 我发现它使图表过于拥挤（因为我将 6 个图与 wrap_plots 结合在一起），并且可以轻松地在图表下方的图例中以文本方式解释它们。有没有办法做到这一点？我不是 ggplot 专家，在这方面花了太多时间，请帮忙:')

我将 6 个图存储在名为“list”的列表中，然后使用 wrap_plots。我可以使用以下代码自定义 x 轴标签：

列表[[“plot1”]][[“标签”]][[“x”]] <- "Degree Days"

它有效，但我似乎找不到“75%”、“中位数”和“25%”标签存储在 ggplot 对象中的位置，可能是因为它们不是标签？

这是我从 ale 包文档中复制的示例：

diamonds_sample <- ggplot2::diamonds[sample(nrow(ggplot2::diamonds), 1000), ]

# Create a GAM model 
gam_diamonds <- mgcv::gam(
  price ~ s(carat) + s(depth) + s(table) + s(x) + s(y) + s(z) +
    cut + color + clarity,
  data = diamonds_sample
)
summary(gam_diamonds)

# Simple ALE 
ale_gam_diamonds <- ale(
  diamonds_sample, gam_diamonds,
  parallel = 2  # CRAN limit (delete this line on your own computer)
)

# Plot the ALE data
ale_gam_diamonds$plots |>
  patchwork::wrap_plots()

Answer 1

水平线的标签是通过辅助轴添加的。因此，摆脱这些标签的一种选择是覆盖 y 比例。

当您想要将修改应用于所有绘图时，通常无需摆弄

list

对象的

ggplot

。相反，您可以将修改应用于最终的

patchwork

对象。

实际上，获得图例需要付出更多努力（见下文）。作为第一种方法，您可能会考虑通过去掉内部绘图的轴来整理绘图，使用

patchwork >=1.2.0

可以通过使用

axes="collect"

来实现。

library(ale)
library(patchwork)
library(ggplot2)

# Get rid of the axes for the inner plots
ale_gam_diamonds$plots |>
  wrap_plots() +
  plot_layout(axes = "collect") &
  labs(x = "Degree Days")

但如果你更喜欢有一个图例，你可以通过添加一个空白（例如

geom_hline

）图层来伪造一个图例，我决定在

linetype

aes 上进行映射。之后，您可以使用“override.aes”参数设置图例的样式：

# Use a legend
ale_gam_diamonds$plots |>
  wrap_plots() +
  plot_layout(guides = "collect") &
  labs(x = "Degree Days", linetype = NULL) &
  # Get rid of the secondary axis aka the labels on the right
  scale_y_continuous() &
  # Fake a legend
  geom_hline(
    data = data.frame(
      yintercept = NA_real_,
      linetype = factor(c("25%", "median", "75%"), c("25%", "median", "75%"))
    ),
    aes(yintercept = yintercept, linetype = linetype),
    na.rm = TRUE
  ) &
  guides(
    linetype = guide_legend(
      override.aes = list(
        color = c("black", "grey85", "black"),
        linetype = c("dashed", "solid", "dashed")
      )
    )
  ) &
  theme(legend.position = "bottom")
#> Scale for y is already present.
#> Adding another scale for y, which will replace the existing scale.
#> Scale for y is already present.
#> Adding another scale for y, which will replace the existing scale.
#> Scale for y is already present.
#> Adding another scale for y, which will replace the existing scale.
#> Scale for y is already present.
#> Adding another scale for y, which will replace the existing scale.
#> Scale for y is already present.
#> Adding another scale for y, which will replace the existing scale.
#> Scale for y is already present.
#> Adding another scale for y, which will replace the existing scale.
#> Scale for y is already present.
#> Adding another scale for y, which will replace the existing scale.
#> Scale for y is already present.
#> Adding another scale for y, which will replace the existing scale.
#> Scale for y is already present.
#> Adding another scale for y, which will replace the existing scale.