我怎样才能让qstat给我完整的工作名称？
我知道qstat -r提供了有关任务的详细信息，但它太多了，并且包含了资源要求。
qstat -r输出如下：
131806 0.25001 tumor_foca ajalali qw 09/29/2014 15:49:41 1 2-100:1
Full jobname: tumor_focality-TCGA-THCA-ratboost_linear_svc
Hard Resources: distribution=wheezy (0.000000)
h_rt=72000 (0.000000)
mem_free=15G (0.000000)
h_vmem=15G (0.000000)
h_stack=256M (0.000000)
Soft Resources:
131807 0.25001 vital_stat ajalali qw 09/29/2014 15:49:41 1 2-100:1
Full jobname: vital_status-TCGA-LGG-ratboost_linear_svc
Hard Resources: distribution=wheezy (0.000000)
h_rt=72000 (0.000000)
mem_free=15G (0.000000)
h_vmem=15G (0.000000)
h_stack=256M (0.000000)
Soft Resources:
现在我唯一的选择是grep我需要的输出：
$ qstat -r | grep "Full jobname" -B1
--
131806 0.25001 tumor_foca ajalali qw 09/29/2014 15:49:41 1 2-100:1
Full jobname: tumor_focality-TCGA-THCA-ratboost_linear_svc
--
131807 0.25001 vital_stat ajalali qw 09/29/2014 15:49:41 1 2-100:1
Full jobname: vital_status-TCGA-LGG-ratboost_linear_svc
我能做得更好，以获得更好的输出吗？
这有点凌乱，但它可以作为命令历史记录中的简单解决方案。所有标准工具。输出与普通qstat调用的输出几乎相同，但是你不会得到标题：
一内胆：
qstat -xml | tr '\n' ' ' | sed 's#<job_list[^>]*>#\n#g' \
| sed 's#<[^>]*>##g' | grep " " | column -t
命令描述：
将作业列为XML：
qstat -xml
删除所有换行符：
tr '\n' ' '
在列表中的每个作业条目之前添加换行符：
sed 's#<job_list[^>]*>#\n#g'
删除所有XML内容：
sed 's#<[^>]*>##g'
哈克最后添加换行符：
grep " "
Columnize：
column -t
示例输出
351996 0.50502 ProjectA_XXXXXXXXX_XXXX_XXXXXX user123 r 2015-06-25T15:38:41 [email protected] 1
351997 0.50502 ProjectA_XXX_XXXX_XXX user123 r 2015-06-25T15:39:26 [email protected] 1
351998 0.50502 ProjectA_XXXXXXXXXXXXX_XXXX_XXXX user123 r 2015-06-25T15:40:26 [email protected] 1
351999 0.50502 ProjectA_XXXXXXXXXXXXXXXXX_XXXX_XXXX user123 r 2015-06-25T15:42:11 [email protected] 1
352001 0.50502 ProjectA_XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX_XXXX_XXXX user123 r 2015-06-25T15:42:11 [email protected] 1
352008 0.50501 runXXXX69 usr1 r 2015-06-25T15:49:04 [email protected] 1
352009 0.50501 runXXXX70 usr1 r 2015-06-25T15:49:04 [email protected] 1
352010 0.50501 runXXXX71 usr1 r 2015-06-25T15:49:04 [email protected] 1
352011 0.50501 runXXXX72 usr1 r 2015-06-25T15:49:04 [email protected] 1
352012 0.50501 runXXXX73 usr1 r 2015-06-25T15:49:04 [email protected] 1
352013 0.50501 runXXXX74 usr1 r 2015-06-25T15:49:04 [email protected] 1
这个脚本效果很好。它看起来像是来自剑桥。 http://www.hep.ph.ic.ac.uk/~dbauer/grid/myqstat.py
对于Python 3：
#!/usr/bin/python
import xml.dom.minidom
import os
import sys
import string
f=os.popen('qstat -u \* -xml -r')
dom=xml.dom.minidom.parse(f)
jobs=dom.getElementsByTagName('job_info')
run=jobs[0]
runjobs=run.getElementsByTagName('job_list')
def fakeqstat(joblist):
for r in joblist:
try:
jobname=r.getElementsByTagName('JB_name')[0].childNodes[0].data
jobown=r.getElementsByTagName('JB_owner')[0].childNodes[0].data
jobstate=r.getElementsByTagName('state')[0].childNodes[0].data
jobnum=r.getElementsByTagName('JB_job_number')[0].childNodes[0].data
jobtime='not set'
if(jobstate=='r'):
jobtime=r.getElementsByTagName('JAT_start_time')[0].childNodes[0].data
elif(jobstate=='dt'):
jobtime=r.getElementsByTagName('JAT_start_time')[0].childNodes[0].data
else:
jobtime=r.getElementsByTagName('JB_submission_time')[0].childNodes[0].data
print(jobnum, '\t', jobown.ljust(16), '\t', jobname.ljust(16),'\t', jobstate,'\t',jobtime)
except Exception as e:
print(e)
fakeqstat(runjobs)
对于Python 2：
#!/usr/bin/python
import xml.dom.minidom
import os
import sys
import string
#import re
f=os.popen('qstat -u \* -xml -r')
dom=xml.dom.minidom.parse(f)
jobs=dom.getElementsByTagName('job_info')
run=jobs[0]
runjobs=run.getElementsByTagName('job_list')
def fakeqstat(joblist):
for r in joblist:
jobname=r.getElementsByTagName('JB_name')[0].childNodes[0].data
jobown=r.getElementsByTagName('JB_owner')[0].childNodes[0].data
jobstate=r.getElementsByTagName('state')[0].childNodes[0].data
jobnum=r.getElementsByTagName('JB_job_number')[0].childNodes[0].data
jobtime='not set'
if(jobstate=='r'):
jobtime=r.getElementsByTagName('JAT_start_time')[0].childNodes[0].data
elif(jobstate=='dt'):
jobtime=r.getElementsByTagName('JAT_start_time')[0].childNodes[0].data
else:
jobtime=r.getElementsByTagName('JB_submission_time')[0].childNodes[0].data
print jobnum, '\t', jobown.ljust(16), '\t', jobname.ljust(16),'\t', jobstate,'\t',jobtime
fakeqstat(runjobs)
也许是一个更简单的解决方案：将SGE_LONG_JOB_NAMES设置为-1，qstat将计算出name列的大小：
export SGE_LONG_JOB_NAMES=-1
qstat -u username
适合我。
干杯!
我目前正在编写自己的qstat包装器，以获得干净，实用和可自定义的输出。
这是github repository。该项目已经增长太多，无法将代码粘贴到此消息中。
它带有一个安装程序，应该可以毫无问题地使用Python 2.7和3（如果需要，安装脚本会进行修改）。 qjobs -h为可用选项提供了一些帮助。我将在接下来的几天内在github wiki上写一个更完整的文档。
我将尽可能经常更新此消息以坚持项目的当前状态。请随时在这里（或在github上）发表评论以询问功能/报告问题。
在不久的将来，我将尝试添加一个完全交互模式，以更轻松地浏览作业列表。当然，经典文本输出仍然可用（通过电子邮件发送输出或快速检查挂起/正在运行的作业可能很有用）。
命令qjobs给出：
5599109 short_name r 2015-06-25 10:27:39 queue1
5599110 jobName r 2015-06-25 10:35:39 queue2
5599111 a_long_job_name qw 2015-06-25 10:40:39
5599112 foo qw 2015-06-25 10:40:39
5599113 bar qw 2015-06-25 10:40:39
5599114 baz qw 2015-06-25 10:40:39
5599115 beer qw 2015-06-25 10:40:39
tot: 7
r: 2 qw: 5
命令qjobs -o给出：
tot: 7
r: 2 qw: 5
命令qjobs -o inek -t给出（e是从开始/子时间开始经过的时间，格式可以使用Python的Format Spec. Mini-Language自定义; k是完整的队列名称，带域名）：
5598985 SpongeBob 522:02 (21.75 days) [email protected]
5598987 ping_java 521:47 (21.74 days) [email protected]
5598988 run3.14 521:46 (21.74 days) [email protected]
5598990 strange_job_42 521:42 (21.74 days) [email protected]
5598991 coffee-maker 521:39 (21.74 days) [email protected]
5598992 dumbtask 521:29 (21.73 days) [email protected]
qjobs -i提供了可用“项目”的完整列表。每个项目都可用作：
-o ITEMS）;-t（例如-t s按州和第一个例子计算）;-s对作业进行排序的标准，默认值为-s ips，表示作业列表按ID排序，然后按优先级排序，最后按状态排序。qjobs -i的结果是：
i: job id
p: job priority
n: job name
o: job owner
s: job state
t: job start/submission time
e: elapsed time since start/submission
q: queue name without domain
d: queue domain
k: queue name with domain
r: requested queue(s)
l: number of slots used
感谢JLT的简单代码。我已经扩展了一点以满足我的需求并让它看起来不错。
样本输出：
Job ID Job Name Owner Status
------ ------------------------------------ ------ ------
201716 AtacSilN100400K mtsige R
201771 IsoOnGrap400K mtsige R
202067 AtacOnSilica400K mtsige R
202100 AtacGrapN100400K mtsige R
202135 AtacOnSilc400K mtsige R
202145 AtacOnGrap400K mtsige R
202152 AtacOnGraphN3360K mtsige R
202161 AtacticSilicaN10 mtsige R
202163 AtacGrapN10 mtsige R
202169 AtacSilcN10 mtsige R
202192 wallpmma07 am110 R
202193 wallpmma03 am110 R
202194 att03wpm_95solps am110 R
202202 AtacticSilicaN3 mtsige R
203260 8test18_trop_2p ico R
203359 parseAll_Bob/Sub951By50/Cyl20A_atom1 oge1 R
203360 parseAll_Bob/Sub951By50/Cyl30A_atom1 oge1 R
203361 parseAll_Bob/Sub951By50/Cyl30A_atom2 oge1 R
码：
#!/opt/bin/python3
import os
import xml.etree.ElementTree as ET
#Fields
fields=['Job_Id','Job_Name','Job_Owner','job_state']
names=['Job ID','Job Name','Owner','Status']
#Get job info
f = os.popen('qstat -x')
tree = ET.parse(f)
root = tree.getroot()
n_fields=len(fields)
jobs=[[job.find(field).text for field in fields] for job in root]
max_lengths=[len(name) for name in names]
sep=' '
#Identify max characer length per field
for j in jobs:
for i in range(n_fields):
#Chop off anything after and including '@' or '.' from all fields
if j[i].find('@')>0:
j[i]=j[i][:j[i].find('@')]
if j[i].find('.')>0:
j[i]=j[i][:j[i].find('.')]
if(len(j[i])>max_lengths[i]):
max_lengths[i]=len(j[i])
#Field names
for i in range(n_fields):
print('{s:^{length}}'.format(s=names[i],length=max_lengths[i]),end=sep)
print()
#Dashes
for i in range(n_fields):
print('-'*max_lengths[i],end=sep)
print()
#Jobs
for j in jobs:
for i in range(n_fields):
if j[i].find('@')>0:
j[i]=j[i][:j[i].find('@')]
print('{s:<{length}}'.format(s=j[i],length=max_lengths[i]),end=sep)
print()
对我来说，物理化学家的脚本没有用，所以我用xml.tree.ElementTree模块编写了一个非常简单的脚本，我觉得它比xml.dom.minidom更容易一些
import os
import xml.etree.ElementTree as ET
f = os.popen('qstat -x')
tree = ET.parse(f)
root = tree.getroot()
print "Job_Id walltime state nodes Job_Name"
print "------ -------- ----- --------------- --------------------------"
for job in root:
print job.find('Job_Id').text, " ",
print job.find('resources_used').find('walltime').text, " ",
print job.find('job_state').text, " ",
print job.find('Resource_List').find('nodes').text, " ",
print job.find('Job_Name').text
一个糟糕的KISS解决方案：
qstat -xml -f -u \* | fgrep JB_name | wc -l