Oracle Grid Engine,以前称为Sun Grid Engine(SGE),CODINE(分布式网络环境中的计算)或GRD(全局资源控制器),是由Sun Microsystems开发和支持的开源批处理排队系统。 Sun曾经出售过基于SGE的商用产品,称为N1 Grid Engine(N1GE)。
将 Snakemake 与 Sun Grid Engine 阵列作业结合使用
我想知道是否有人知道如何在 Sun Grid Engine 计算环境中正确使用 Snakemake - 我正在使用共享 HPC 集群并同时运行许多作业,但这是一个很大的压力...
我目前正在使用 Altair Grid Engine,我需要找到一种方法来确定 Altair Grid Engine 中每个节点的状态(即,它是正在运行还是已停止)。我已经尝试过...
我想用连续的 ID qdel 一系列工作。例如: qdel 18280 18281 18282 18283 18284 18285 想象一下,我有一个更长的连续 ID 列表。我显然不想...
在sun grid engine中job_id超过9,999,999会怎样?
我实验室用的是sun grid engine 8.1.8。 据我所知,最大的 job_id 是 9,999,999。但是,我不知道当job_id超过9,999,999时会发生什么。 job_id会不会初始化为1?或者我...
向Sun Grid Engine提交Joblib并行化的python脚本。
我有一个python脚本,它使用joblib模块和loky后台进行并行化,并且n_jobs设置为12。我想知道应该如何使用 qsub 命令将其提交给 sun grid 引擎。我有...
我目前正在SGE集群上工作,并且具有并行提交以python编写的许多作业的代码。代码末尾的输出是一组包含数字数据的文件。每个...
Grid Engine的儿子-版本SGE 8.1.9,CentOS7。我们希望实现具有作业调度优先级的队列,因此,从高优先级队列到作业的调度总是比任何其他低优先级队列都要调度。...
SGE:在批处理提交(qsub)中运行一次交流会话(qrsh)
我正在尝试在SGE中运行一个简单的代码。但是,从交互式会话(qrsh)或通过qsub运行时,从同一代码获得的结果截然不同。大多数代码无法从qsub ...
我有200多个工作需要提交到sge集群。我将把它们分为两个问题。其中一位专家有一个我不想向其提交作业的机器。如何排除那台机器?...
默认情况下,在Sublime中打开所有Grid Engine .e,.o,.pe和.po文件?
Windows用户。我希望Sublime打开文件中描述的文件。问题是,每个作业都创建了自己的扩展。例如提交工作号码1111111并获取文件job.e1111111,job.o1111111等...
如何使用sun grid engine qsub传递包含大括号的命令行参数?
我有一个Python脚本,我想在sun Grid引擎上运行,这个脚本接受一个可能包含大括号的字符串命令行参数。例如,脚本可能是script.py:...
TL; DR:有没有办法在调度作业时让SGE在服务器之间进行循环,而不是在可能的情况下将所有作业分配到同一服务器?细节:我有一个很大的计算过程......
相关:使用Python脚本,conda和集群的SnakeMake规则我一直在尝试设置我的SnakeMake管道以在SGE集群(qsub)上运行。使用安装的简单命令或工具......
假设我有一个作业脚本,我要求4个内核并在标题中设置内存限制:#! / bin / bash ...
这里我正在编译Sun Grid Engine源代码,同时执行最后一步./aimk -no-java -no-jni -no-secure -spool-classic -no-dump -no-qmon,发生错误,其中stacktrace如下面的gcc -o ...
我怎样才能让qstat给我完整的工作名称?我知道qstat -r提供了有关任务的详细信息,但它太多了,并且包含了资源要求。 qstat -r输出如下:...