CellChat 中的 netEmbedding() 函数 - UMAP 无法识别

Question

我在 CellChat 中遇到 netEmbedding() 函数的问题，需要一些建议。

当我运行以下代码时：

cellchat <- netEmbedding(cellchat, type = "functional")

我收到此错误：

Manifold learning of the signaling networks for datasets 1 2  
Error in runUMAP(Similarity, min_dist = min_dist, n_neighbors = n_neighbors, :  
Cannot find UMAP, please install through pip (e.g. pip install umap-learn or reticulate::py_install(packages = 'umap-learn')).

我已经按照我可以找到的有关此错误的教程进行操作（卸载并再次安装所有内容，使用虚拟环境等）并安装了必要的软件包，但问题仍然存在。

当我跑步时

reticulate::py_config()

umap 出现在那里，但是当我运行时

> reticulate::py_module_available("umap") 

我总是得到

[1] FALSE

Answer 1

我通过将网状环境更改为已安装 Python 版本 3.12.4 的 conda env（基础）来修复此问题。

library(reticulate)

use_condaenv("base", conda = "/opt/anaconda3/bin/conda", required = TRUE)

py_config()

reticulate::py_install(packages = 'umap-learn', envname = "base", pip = TRUE)

py_module_available("umap")

[正确]