如何以事后测试括号的形式将 p 值添加到分组箱线图中？

Question

这是我正在制作的情节：

我使用 ggplot 根据两个参数（

treatment

和

crown.layer

）绘制了我的数据，现在的目标是添加 p 值，以显示这些参数组内和组间的显着差异。因此，我想确定全局方差分析 p 值，并执行事后检验来成对比较所有组。 我应用了此链接中提供的代码。

这是我的代码： 我使用两个不同的数据集来运行测试和绘图，因为测试不适用于聚合数据集。

stat.test <- rel_data %>%
  group_by(treatment) %>%
  t_test(rel_fruit ~ crown.layer) %>%
  adjust_pvalue(method = "bonferroni") %>%
  add_significance("p.adj")%>%
  add_xy_position(x = "treatment", dodge = 0.8)

stat.test2 <- rel_data %>%
  t_test(rel_fruit ~ treatment, p.adjust.method = "bonferroni")%>% 
  add_xy_position(x = "treatment")

ggplot(grouped_data, aes(x=treatment, y=mean_fruit_b, fill=crown.layer)) +
  geom_boxplot()+ 
  geom_jitter()+
  labs( x = "treatment", y = "mean fruit to closed bud ratio [%]",title = "Fruit Development")+
  theme_light()+
  stat_pvalue_manual(stat.test,  label = "p", tip.length = 0)+  
  stat_pvalue_manual(stat.test2,  label = "p", tip.length = 0.02,step.increase = 0.05) +
  scale_y_continuous(expand = expansion(mult = c(0.05, 0.1)))+
  scale_fill_manual (values = c("lower"="#b0e0e6","middle"="lightpink","upper"="lightgoldenrod1"))

不知何故，我收到以下错误消息...

Error:
! Problem while computing aesthetics.
ℹ Error occurred in the 3rd layer.
Caused by error:
! Objekt 'crown.layer' nicht gefunden
Backtrace:
  1. base (local) `<fn>`(x)
  2. ggplot2:::print.ggplot(x)
  4. ggplot2:::ggplot_build.ggplot(x)
  5. ggplot2:::by_layer(...)
 12. ggplot2 (local) f(l = layers[[i]], d = data[[i]])
 13. l$compute_aesthetics(d, plot)
 14. ggplot2 (local) compute_aesthetics(..., self = self)
 15. base::lapply(aesthetics, eval_tidy, data = data, env = env)
 16. rlang (local) FUN(X[[i]], ...)

Answer 1

您在

crown.layer

 中使用的 

ggplot(grouped_data, aes(x=treatment, y=mean_fruit_b, fill=crown.layer))

变量似乎不在您的

grouped_data

数据集中

所以你应该添加它：

grouped_data$crown.layer <- rel_data$crown.layer 

（如果它在

rel_data

数据集中）

Answer 2

这里有一些附加信息。

stat.test的输出：

  treatment .y.      group1 group2    n1    n2 statistic    df       p   p.adj p.adj.signif y.position
  <chr>     <chr>    <chr>  <chr>  <int> <int>     <dbl> <dbl>   <dbl>   <dbl> <chr>             <dbl>
1 bag       rel_fru… lower  middle    62    12    -1.28   19.3 0.214   1       ns                0.994
2 bag       rel_fru… lower  upper     62    84    -3.70  117.  0.00033 0.00198 **                1.14 
3 bag       rel_fru… middle upper     12    84    -2.21   51.6 0.032   0.192   ns                1.28 
4 open-air  rel_fru… lower  middle    68    12    -1.26   11.9 0.232   1       ns                1.09 
5 open-air  rel_fru… lower  upper     68    83    -2.29  141.  0.024   0.144   ns                1.24 
6 open-air  rel_fru… middle upper     12    83     0.456  12.9 0.656   1       ns                1.38

stat.test2 的输出：

.y.       group1 group2      n1    n2 statistic    df     p y.position groups        xmin  xmax
  <chr>     <chr>  <chr>    <int> <int>     <dbl> <dbl> <dbl>      <dbl> <named list> <dbl> <dbl>
1 rel_fruit bag    open-air   158   163     0.579  318. 0.563       1.01 <chr [2]>        1     2

提前感谢您的帮助！