因此,我有以下snakemake规则:
SAMPLES=["A", "B"]
READS=["R1", "R2"]
rule fastqc_check:
input:
r1 = expand("../../data/raw/{sample}_{read}.fastq.gz",sample=SAMPLES, read=READS )
output:
html=expand("../../data/interim/{sample}_{read}.html", sample=SAMPLES, read=READS)
conda:
"../../environment.yml"
shell: "fastqc --outdir='../../data/interim/' {input.r1}"
当我运行它时,它开始成功执行,生成HTML文件,然后工作流引发以下错误
MissingOutputException in line 5 of rules/minimap2_freebayes.smk:
Missing files after 5 seconds:
../../data/interim/A_R1.html
../../data/interim/A_R2.html
../../data/interim/B_R1.html
../../data/interim/B_R2.html
This might be due to filesystem latency. If that is the case, consider to increase the wait time with --latency-wait.
我实际上可以看到文件,甚至可以打开它们,也尝试了--latency-wait 120,但是没有任何区别,不断抛出错误。我对Snakemake还是很陌生,所以我不确定该如何做。
[几点思考...我认为fastqc提供带有后缀_fastqc.html
的输出,因此您应该有一个名为../../data/interim/A_R1_fastqc.html
而不是../../data/interim/A_R1.html
的文件。
仍然,如果您说文件在那儿,snakemake不应抱怨。为了进行调试,请尝试用绝对路径替换相对路径(即,使用/path/to/data/interim/{sample}_{read}.html
)。您期望的输出目录可能不是使用的蛇形目录。
此外,运行带有选项snakemake
的-p
,因此您可以确切地看到它在输入/输出中使用的文件。