处理一行的 bash 命令

Question

我有一个奇怪的 .txt 文件，里面有这一行。

lcl|CU459141.1_prot_CAM87240.1_2248 - TniQ PF06527.14 0.018 13.6 0.0 0.024 13.2 0.0 1.1 1 0 0 1 1 1 0 [locus_tag=ABAYE2390] [db_xref=EnsemblGenomes-Gn:ABAYE2390 我需要将该行处理成如下两列：

CU459141.1 CAM87240.1 我尝试了以下方法使其以制表符分隔以剪切 -f1 以进行进一步处理，但没有用

sed 's/,/\t/g;s/\[//g;s/]//g' out.txt | cut -f1 谁能帮我写一个 bash 命令？

Answer 1

使用 GNU awk。使用

|

 和 

_

 作为字段分隔符：

awk -F '[|_]' '{print $2 "\t" $4}' 或

awk 'BEGIN{FS="[|_]"; OFS="\t"} {print $2, $4}' out.txt 输出：

CU459141.1 CAM87240.1