在包开发过程中，我遇到了 R 中生存包中的“predict.coxph”函数的特殊性。看起来“predict.coxph”没有从生存包中导出，所以调用它我必须使用'survival:::predict.coxph'（注意三重':::'）。很长一段时间以来，我一直在使用统计包中的“predict”而不是“predict.coxph”，这让我开始思考两者的含义。
stats 中的“predict”函数必须计算出该对象是一个 coxph 对象，因此生成适当的线性预测器，但在“predict”的文档页面上没有提到使用“predict.coxph” '.
问题1），它是怎么做到的？它是以某种方式从生存包中找到'predict.coxph'，还是完全分开？
“predict.coxph”没有从生存包中导出，这看起来很奇怪，因为它会被广泛使用。
问题2）为什么没有导出predict.coxph？使用'survival:::predict.coxph'是个坏主意吗？
这很有趣，因为在开发依赖于“predict.coxph”的包时，我收到有关使用“::”的警告消息，因此计划改用“predict”，但我想完全理解它是如何工作的。
下面的可重现代码。请注意，coxph.pred1 和 coxph.pred4 给出相同的答案，coxph.pred2 和 coxph.pred3 找不到函数。
library(survival)
### Load data
myeloma <- myeloma
### Add predictor
myeloma$x1 <- rnorm(nrow(myeloma), 0, 1)
### Fit cox proportional hazards
coxph.obj <- coxph(Surv(futime, death) ~ x1, data = myeloma)
### Check model output
summary(coxph.obj)
### Create predictions for individuals in myeloma dataset
coxph.pred1 <- predict(coxph.obj, type = "lp")
coxph.pred2 <- predict.coxph(coxph.obj, type = "lp")
coxph.pred3 <- survival::predict.coxph(coxph.obj, type = "lp")
coxph.pred4 <- survival:::predict.coxph(coxph.obj, type = "lp")
### Print how many elements are not the same in coxph.pred1 and coxph.pred4
sum(coxph.pred1 != coxph.pred4)