我有几个SNV,例如:
#CHROM POS ID REF ALT
chr1 1000 . A C
chr1 2000 . T A
我可以从几个新的 bam 文件中获取他们的基因型数据(REF 覆盖率、ALT 覆盖率)吗?例如:
tumor1.bam
tumor2.bam
我期待这样的结果:
##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
##FORMAT=<ID=DR,Number=1,Type=Integer,Description="Number of reference reads">
##FORMAT=<ID=DV,Number=1,Type=Integer,Description="Number of variant reads">
#CHROM POS ID REF ALT FORMAT tumor1.bam tumor2.bam
chr1 1000 . A C GT:DR:DV 0/1:20:10 0/1:30:5
chr1 2000 . T A GT:DR:DV 0/1:80:10 0/1:20:8
有什么建议吗?