我打算使用 shapeit5 进行定相。我下载了1000G的参考数据集：
https://mathgen.stats.ox.ac.uk/impute/1000GP_Phase3.html
但是，在运行 shapeit5 时我收到此错误： 打开 1000GP_Phase3_chr22.hap.gz：HTSlib 不支持的文件格式。
您能帮忙解决这个问题吗？ 谢谢！
您下载的数据集是“IMPUTE -h 格式的分阶段单倍型文件（由 gzip 软件压缩）”。但是，SHAPEIT 适用于 VCF 和/或 BCF 文件。您需要使用其他格式的文件。
如果您想从1000G下载VCF文件，您可以在这里找到它们：https://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/data_collections/1000G_2504_high_coverage/working/20201028_3202_phased/