如何将 R 中的 tableone 包中的计数和百分比提取到单独的变量中？

Question

我在 R 中使用 tableone 包创建了很多大型表。我只是被要求提供 Excel 格式的表格以及单独列中的计数和百分比（或平均值/标准差等）。有没有一种简单的方法可以从 tableone 对象中提取这些信息？将 tableone 输出保存为数据框，我可以使用 dplyr 进行操作。

现有表格格式的示例代码：

library(dplyr)
library(tableone)
library(htmlTable)
starwars_data <- starwars %>%
mutate(species_cat = ifelse(species == 'Human', 'Human', 'Nonhuman'))
starwars_tbl <- CreateTableOne(vars = c('height', 'mass', 'hair_color', 'eye_color'), strata = 'species_cat', data = starwars_data)
starwars_tbl_print <- print(starwars_tbl, showAllLevels = TRUE, smd = TRUE, printToggle = FALSE)
htmlTable(starwars_tbl_print[, c(1:3,6)])

所需的输出是一个结构如下图所示的数据框。必须截屏，因为它一直将我的表格标记为格式不正确的代码，有人知道为什么吗？

所需输出

Answer 1

按层划分的原始数据矩阵可在

trialone

对象中找到。例如，

starwars_tbl$ContTable$Human

。

要将

starwars_tbl$ContTable

中的所有数据放入数据框中，我们可以：

starwars_tbl$ContTable %>%
    map(\(x) as_tibble(x, rownames = "var")) %>%
    bind_rows(.id = "strata")

CatTable

中的原始数据位于每个层的矩阵列表中。要将其放入数据框中，我们可以：

starwars_tbl$CatTable %>%
    map(\(x) bind_rows(x, .id = "var")) %>%
    bind_rows(.id = "strata")

P 值和标准化平均差 (SMD) 可以在连续表和分类表的属性中找到。例如，

attributes(starwars_tbl$ContTable)$pValues

和

attributes(starwars_tbl$ContTable)$smd

。