Snakemake 和 GROMACS 之间的冲突？

Question

我试图尽可能地简化我的问题，但仍然出现错误。

整个想法是我想执行（在更复杂的工作流程中）命令：

gmx mdrun -nt 12 -deffnm emin -cpi

在集群上。为此，我有一个带有 GROMACS 和 Snakemake 的 conda 环境。

以传统方式，我有工作脚本（

tradition_jon.sh

）：

#!/bin/bash
#SBATCH --partition=uds-hub 
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --cpus-per-task=12 
#SBATCH --mem=5000
#SBATCH --time=15:00
#SBATCH --job-name=reproduce_error
#SBATCH --output=reproduce_error.o
#SBATCH --error=reproduce_error.e

gmx mdrun -nt 12 -deffnm emin -cpi

并且在

sbatch tradition_jon.sh

之后一切都按预期工作。但是，如果我尝试改用 Snakemake，问题就开始了。

我的

Snakefile

是：

rule gmx:
    input:
        tpr = "emin.tpr"
    output:
        out = 'emin.gro'
    shell:
        '''
           gmx mdrun -nt 12 -deffnm emin -cpi
        '''

我的

job.sh

：

#!/bin/bash
snakemake \
    --jobs 10000 \
    --verbose \
    --debug-dag \
    --latency-wait 50 \
    --cluster-cancel scancel \
    --rerun-incomplete \
    --keep-going \
    --cluster '
        sbatch \
        --partition=uds-hub \
        --nodes=1 \
        --cpus-per-task=12 \
        --mem=5000 \
        --time=15:00 \
        --job-name=reproduce_error \
        --output=reproduce_error.o \
        --error=reproduce_error.e '

在

./job.sh

之后，GROMACS的错误（写在

reproduce_error.e

上）是：

Program:     gmx mdrun, version 2022.2-conda_forge
Source file: src/gromacs/taskassignment/resourcedivision.cpp (line 220)

Fatal error:
When using GPUs, setting the number of OpenMP threads without specifying the
number of ranks can lead to conflicting demands. Please specify the number of
thread-MPI ranks as well (option -ntmpi).

For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors

我观察到在

snakemake

的输出中写了一个不同的shell（

#!/bin/sh

）。但老实说，我不知道这是否是问题所在，如果是这样，我也不知道如何解决：

Jobscript:
#!/bin/sh
# properties = {"type": "single", "rule": "gmx", "local": false, "input": ["emin.tpr"], "output": ["emin.gro"], "wildcards": {}, "params": {}, "log": [], "threads": 1, "resources": {"mem_mb": 1000, "mem_mib": 954, "disk_mb": 1000, "disk_mib": 954, "tmpdir": "<TBD>"}, "jobid": 0, "cluster": {}}
cd '/home/uds_alma015/GIT/BindFlow/ideas/reproduce error' && /home/uds_alma015/.conda/envs/abfe/bin/python3.9 -m snakemake --snakefile '/home/uds_alma015/GIT/BindFlow/ideas/reproduce error/Snakefile' --target-jobs 'gmx:' --allowed-rules 'gmx' --cores 'all' --attempt 1 --force-use-threads  --resources 'mem_mb=1000' 'mem_mib=954' 'disk_mb=1000' 'disk_mib=954' --wait-for-files '/home/uds_alma015/GIT/BindFlow/ideas/reproduce error/.snakemake/tmp.lfq5jq4u' 'emin.tpr' --force --keep-target-files --keep-remote --max-inventory-time 0 --nocolor --notemp --no-hooks --nolock --ignore-incomplete --rerun-triggers 'software-env' 'params' 'input' 'mtime' 'code' --skip-script-cleanup  --conda-frontend 'mamba' --wrapper-prefix 'https://github.com/snakemake/snakemake-wrappers/raw/' --latency-wait 50 --scheduler 'ilp' --scheduler-solver-path '/home/uds_alma015/.conda/envs/abfe/bin' --default-resources 'mem_mb=max(2*input.size_mb, 1000)' 'disk_mb=max(2*input.size_mb, 1000)' 'tmpdir=system_tmpdir' --mode 2 && touch '/home/uds_alma015/GIT/BindFlow/ideas/reproduce error/.snakemake/tmp.lfq5jq4u/0.jobfinished' || (touch '/home/uds_alma015/GIT/BindFlow/ideas/reproduce error/.snakemake/tmp.lfq5jq4u/0.jobfailed'; exit 1)

附言ChatGPT 围绕这个问题展开讨论 :-)