windows shell -- 运行 igblast：“BLAST 查询/选项错误：种系注释数据库...”

Question

我正在尝试在 Windows powershell 中从 NCBI 运行

igblast

。当遵循文档并尝试运行以下代码时：

bin/igblastn -germline_db_V database/mouse_gl_V -germline_db_J database/mouse_gl_J -germline_db_D database/mouse_gl_D -organism mouse -query myseq -auxiliary_data optional_file/mouse_gl.aux -show_translation -outfmt 3

和

bin/igblastn -germline_db_V database/V.fasta -germline_db_J database/J.fasta -germline_db_D database/D.fasta -organism rhesus_monkey -query myseq -auxiliary_data optional_file/rhesus_monkey_gl.aux -show_translation -outfmt 3

我收到以下错误：

BLAST query/options error: Germline annotation database C:\Program Files\NCBI\igblast-1.22.0\internal_data\rhesus_monkey\rhesus_monkey_V could not be found in [internal_data] directory
Please refer to the BLAST+ user manual.

此外，我在运行 NCBI/igblast 时遇到问题，无法创建自己的数据库引用：

bin/edit_imgt_file.pl imgt_file > my_seq_file

创建一个空的 my_seq_file 并打开记事本，其中包含代码或提示选择一个程序来打开 .pl

我尝试过使用不同的操作系统：Windows 10、11 和虚拟机 (Windows 11)。在虚拟机上它不会返回错误，但也不会运行。

设置环境变量或指定路径没有帮助。

Answer 1

我想知道你是否找到了解决方案？我正在努力解决同样的“种系注释...无法找到”问题，除了在 Linux 计算机上。我在网上找到的“解决方案”都没有帮助，这就是我问的原因。