有任何方法可以在r？

Question

这意味着只有在我安装了旧的deseq软件包时才能打开此文件。我知道这是一个旧的软件包，但是我到处浏览并搜索了此软件包的生物指导指南，并尝试了此代码：

Warning: namespace ‘DESeq’ is not available and has been replaced
by .GlobalEnv when processing object ‘cds3’
Loading required package: DESeq
Error in .requirePackage(package) : 
  unable to find required package ‘DESeq’
In addition: Warning message:
In library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE,  :
  there is no package called ‘DESeq’

并遇到了这个错误

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("DESeq")

我已经有deseq2，但是我需要第一个deseq。我真的需要加载这些文件，我该怎么办？
    

不幸的是，R包中缺乏向后兼容性是主要的痛苦点之一，但这可能不是该论点的正确论坛！

它远非一个完美的解决方案，因为您需要弄乱安装依赖项，但是可以下载.tar.gz文件（例如，从此处使用

https：//www.bioconductor.org/packages/3.10/bioc /html/deseq.html

），然后如果将工作目录设置为包含可以运行的下载文件的文件夹： install.packages（“ deseq_1.38.0.tar.gz”，repos = null）

Answer 1

有一个非零的机会，您可以通过更改依赖项（是的！）破坏其他软件包（因此，请谨慎行事（也许可以让新的R安装以尝试此操作）。我建议使用例如康达环境，但这通常也是与R.

的噩梦