snakemake：使用奇异时正确引用

Question

我想运行下面的shell命令

shell:
    """
    Rscript -e "rmarkdown::render('{input.markdown}', output_dir = 'output/{wildcards.version}', params = list(datapath = '../data/{wildcards.version}', max_lab_days = {config[max_lab_days]}, seed = {config[seed]}))"
    """

一切都在正常模式很好，但设置--use-singularity时发生故障。我想这是前来引用相关的问题，因为这里singularity exec报价增加了另一层，对不对？

所以，我想我的问题是如何避免这种报价地狱 - 任何想法？

Answer 1

还好，原来的单引号”，都是问题 - 从来没有在snakemake shell命令使用它们，否则将无法移植到奇异执行。幸运的一个可以用\替换'”逃离他们的RSCRIPT -e命令。

是不是真的有必要吗？