我正在尝试使用斐济粒子分析来测量面积％，但我不知道如何构建宏

Question

Stackoverflow 用户您好，

我目前正在写学士论文，有超过 1000 张图像需要分析。因此，我想制作一个宏，可以以相同的方式裁剪这些图像，应用相同的颜色阈值并测量高于该阈值的面积百分比；然后将它们添加到一个 csv/excel/文本文件中。Winogradsky 列的示例，包含我想要分析的硫还原细菌。我添加了一个示例图像，我想分析该图像的百分比是多少黑色。

我尝试手动裁剪图像，添加正确的滤色器，然后进行粒子分析。然而，每次我这样做时，我都会得到荒谬的低面积百分比，尝试将其放入如下所示的宏中也不起作用。我在下面添加了我尝试制作的宏，您可能会看到；我对图像分析很陌生。

//seting directory
input=getDirectory("Set directory here");
list = getFileList(input);
for (i = 0; i < list.length; i++)
        Wholecolor(input, list[i]);
function Wholecolor (input,filename){
    open (input + filename);

//open ROI manager
run("ROI Manager...");
roiManager("Show All");

// Assign raw opened image the name "currentImage"
currentImage=getImageID();

// cropping image
makeRectangle(834, 414, 3840, 3468);
run("Crop");

//Duplicate raw image to make a copy that will be modified to make a mask
run("Duplicate...", "title=Mask");

// Highlight the "Mask" image as the duplicate that will be thresholded to make the mask
selectWindow("Mask");
makeRectangle(1026, 492, 3504, 3294);
setBackgroundColor(0, 0, 0);
run("Clear Outside");
run("Color Threshold...");

// Color Thresholder 2.14.0/1.54f
// Autogenerated macro, single images only!
min=newArray(3);
max=newArray(3);
filter=newArray(3);
a=getTitle();
run("HSB Stack");
run("Convert Stack to Images");
selectWindow("Hue");
rename("0");
selectWindow("Saturation");
rename("1");
selectWindow("Brightness");
rename("2");
min[0]=0;
max[0]=255;
filter[0]="pass";
min[1]=0;
max[1]=255;
filter[1]="pass";
min[2]=30;
max[2]=255;
filter[2]="pass";
for (i=0;i<3;i++){
  selectWindow(""+i);
  setThreshold(min[i], max[i]);
  run("Convert to Mask");
  if (filter[i]=="stop")  run("Invert");
}
imageCalculator("AND create", "0","1");
imageCalculator("AND create", "Result of 0","2");
for (i=0;i<3;i++){
  selectWindow(""+i);
  close();
}
selectWindow("Result of 0");
close();
selectWindow("Result of Result of 0");
rename(a);
// Colour Thresholding-------------

run("Analyze Particles...", "display exclude clear summarize overlay");
    // Get particle analysis results and put them into a file 

//clear ROI manager and Mask image so there is a clean workspace for the next image in the folder
roiManager("Deselect");
roiManager("Delete");
close("Mask");
close(filename+"_HSB");

//save data collected by ROI manager to a .csv file titled "WInogradksy_results"

   dir=getDirectory("image");
   //Change the file name here
   name = "Winogradsky_results"; 
   index = lastIndexOf(name, "\\"); 
   if (index!=-1) name = substring(name, 0, index); 
   name = name + ".csv"; ///can change xls to csv, txt, etc.
   saveAs("Measurements", dir+name); 
   
close();
}
run("Clear Results");

如果您能解决这个问题，我将不胜感激，非常感谢！

Answer 1

我想分析这张图像的黑色百分比是多少。

首先要做的是定义什么是“黑色”。 请在下面找到我将默认阈值方案应用于示例图像的色相通道所得到的结果。

对应的%面积约为27.22%。

以下 ImageJ 宏代码可能会帮助您入门：

run("Set Measurements...","area area_fraction display redirect=None decimal=2");
run("HSB Stack");
setAutoThreshold("Default dark");
run("Measure");