igraph：将列表转换为顶点序列

Question

我正在使用igraph的R实现。我不明白为什么get_diamenter()返回一个igraph.vs对象，而shortest_paths()$vpath返回一个list对象。我试图绘制两个节点之间的最短路径。我可以绘制网络直径，因为我能做到

diam <- get_diameter(net_vc, directed=F)
vcol <- rep("gray40", vcount(net_vc))
vcol[diam] <- "gold"

但我无法以类似的方式绘制最短路径：

sp = shortest_paths(net_vc, from=V(net_vc)$Name=="I0", to=V(net_vc)$Name=="I11")
sp <- sp$vpath
vcol <- rep("gray40", vcount(net_vc))
vcol[sp] <- "gold"

它返回：Error in vcol[sp] <- "gold" : invalid subscript type 'list'

如何将此列表转换为顶点序列，以便as.vector(sp)返回顶点的位置，以便索引vcol？

Answer 1

get_diameter的文档说：

get_diameter返回具有实际直径的路径。如果有许多直径长度的最短路径，那么它将返回找到的第一个路径。

所以它返回一个路径。另一方面，shortest_paths允许列出to顶点。它将返回一个最短路径列表，一个igraph.vs列表，一个用于to列表中的每个顶点。即使您在shortest_paths中使用单个顶点调用to，您也会得到一个列表。因此，要按照您希望的方式设置颜色，您需要引用列表的第一个（也是唯一的）元素。你需要：

sp = shortest_paths(net_vc, from=V(net_vc)$Name=="I0", to=V(net_vc)$Name=="I11")
sp <- sp$vpath[[1]]
vcol <- rep("gray40", vcount(net_vc))
vcol[sp] <- "gold"