Snakemake语法错误：run / shell / script / wrapper / cwl在规则后没有规则关键字

Question

我的samtools_dup规则有问题。

[/ data / mypipeline.smk的第201行中显示“ SyntaxError：规则samtools_dup中的run / shell / script / wrapper / cwl之后不允许使用规则关键字。 （mypipeline.smk，第201行）“。

[如果我用谷歌搜索错误，我发现一个人说，在他们的代码中，可能是他在“ shell：”之后放置了“ log：”（并且shell应该是每个规则中的最后一句话） ，但事实并非如此。在许多其他论坛上，我看到有人张贴它，但未记录任何答案。我不确定这个错误还会在哪里...有什么想法吗？谢谢 ！

这里我发布代码供您查看。

dup_fun="rmdup"

# Mark or remove duplicates with Samtools
if ( mrDup == "mark" or mrDup == "rm" ):
    rule samtools_dup:
        input: f'{bamDir}' + '/{sample}_sort.bam')
        params: fun = dup_fun
        output: protected(f'{dupDir}' + "/" + f'{mrDup}dup.bam')
        shell: "samtools {params.fun} -s {input} {output}"

Answer 1

input: f'{bamDir}' + '/{sample}_sort.bam')
                                         ^ where is the opening bracket?

文件中可能还存在其他语法错误，但您绝对只提供其中的一小部分。