使用 R 包 tanggle 中的 ggsplitnet 函数绘制系统发育网络中的样本名称和符号

Question

我正在使用 R 包

ggsplitnet

中的

tanggle

函数来绘制系统发育网络。我想创建一个图，在网络的尖端显示各个样本名称和彩色符号，其中颜色代表任意定义的组。

这是演示该问题的简化示例：

# Load relevant packages
library(phangorn)
library(ggtree)
library(tanggle)

# Read in a phylogenetic network in nexus format
fdir <- system.file("extdata/trees", package = "phangorn")
Nnet <- phangorn::read.nexus.networx(file.path(fdir, "woodmouse.nxs"))

# Plot the network with sample names at the tips
ggsplitnet(Nnet) +
  geom_tiplab2()

# Define groups
mygroups <- rep(LETTERS[1:3], each = 5)

# Replace sample names with group names
Nnet$translate$label <- mygroups

# Plot the network with different colors for groups
ggsplitnet(Nnet) +
  geom_tippoint(aes(color = label), size = 5)

问题是我无法在同一图中绘制各个样本名称和组的彩色符号。看来

ggsplitnet

函数只能识别存储在

label

中

cono.net$translate

列中的数据。例如，我尝试向网络对象添加一个新列，如

Nnet$translate$groups <- mygroups

，但它不起作用。

任何有关如何实现这一目标的建议将不胜感激！

Answer 1

实现此目的的一种方法是使用

ggtree::fortify()

将 Nnet 转换为数据帧，然后将组值分配给 fortified_Nnet$isTip 作为新列，例如“组”。

我添加了两个绘图选项：

• 将 Nnet 和 dfNnet 与

  ggsplitnet()

  结合使用，保留原始标签位置
• 仅使用 dfNnet 和

  ggplot()

  ，如果不满足您的需求，可能需要进行修改。

请注意，已包含用于示例图的

ggsave()

，较低的宽度/高度值可能会导致标签被裁剪。

library(phangorn)
library(ggtree)
library(tanggle)

# Example data
fdir <- system.file("extdata/trees", package = "phangorn")
Nnet <- phangorn::read.nexus.networx(file.path(fdir, "woodmouse.nxs"))

# Define groups
mygroups <- rep(LETTERS[1:3], each = 5)

# Create dataframe of Nnet using fortify()
dfNnet <- fortify(Nnet)

# Add group information to dfNnet
dfNnet$group <- NA
dfNnet$group[dfNnet$isTip] <- mygroups

图1：

# Plot using Nnet and dfNnet
ggsplitnet(Nnet) +
  geom_tippoint(data = dfNnet,
                aes(colour = group),
                size = 5) +
  geom_tiplab2(aes(label = label)) +
  coord_cartesian(clip = "off") +
  theme(plot.margin = margin(1, 1, 1, 1, "cm"))

ggsave("plot1.jpg",
       width = 7, 
       height = 7,
       dpi = 150)

情节2：

ggplot(dfNnet, aes(x = x, y = y)) +
  geom_segment(aes(xend = xend, yend = yend),
               colour = "grey") +
  geom_point(data = dfNnet[dfNnet$isTip, ],
             aes(colour = group),
             size = 5) +
  geom_text(data = dfNnet[dfNnet$isTip, ],
            aes(label = label),
            vjust = -1,
            hjust = 1) +
  theme_void() +
  coord_cartesian(clip = "off") +
  theme(plot.margin = margin(0, 1, 0, 1, "cm"))

ggsave("plot2.jpg",
       width = 7, 
       height = 7,
       dpi = 150)