用于下游分析和创建目标基因热图的计数矩阵标准化

Question

我有一个从 stringtie 生成的计数矩阵（从 FPKM 到 readcount 使用 stringtie 的 prepDE.py3）。我想创建跨样本的目标基因热图。 我的问题是：

1. 在创建热图之前，我们是否需要规范化读取计数数据
2. 如果有必要，我正在考虑对这样的事情进行标准化，给定 gene-x 及其跨控制的读取计数，treatment1，treatment2 在 trpilicates 中，我将计算 gene-x 跨样本的所有读取计数的平均值，然后使用将每个读取计数除以平均读取计数并使用该结果值进行绘图

这是正确的方法吗？

如果您有任何其他方法，请提出建议。

谢谢！