关于Ubuntu的ClustalW

Question

在biopython食谱中，我找不到如何实际运行clustalw。我已经完成了食谱上的内容，但它没有运行clustalw只是打印

clustalw2 -infile=opuntia.fasta

任何人都可以帮助我如何实际运行clustalw？

Answer 1

该部分是从BioPython文档中复制的。

>>>来自Bio.Align.Applications导入ClustalwCommandline >>> cline = ClustalwCommandline（“clustalw2”，infile =“opuntia.fasta”） >>> print（cline）

clustalw2 -infile = opuntia.fasta

如果你跑

from Bio.Align.Applications import ClustalwCommandline
cline = ClustalwCommandline("clustalw2", infile="opuntia.fasta")
print(cline) 

它会做3件事

1. 从BioPython导入ClustalwCommandline模块
2. 创建一个ClustalwCommandline对象
3. 打印对象的字符串表示

如果要执行程序，则需要调用创建的对象

stdout, stderr = cline()

然后将使用您提供的参数运行整个程序。 “正常”输出将在stdout中找到，而所有错误都在stderr中找到。

如果得到无法找到可执行文件的错误，您需要将clustalw2目录添加到路径中或指定完整路径（例如cline = ClustalwCommandline("c:/users/gufran/programs/clustalw.exe", infile="opuntia.fasta"）。