为什么scale_shape_manual的行为与scale_color_manual和scale_fill_manual不同？

Question

假设我有一个像下面

myiris

这样的数据框，我想在其中突出显示

setosa

物种。

然而，我不希望其他物种出现在传说中。为了方便起见，我只是在新的

Highlight

列中将其余所有内容设为 NA。

我执行以下操作：

data(iris)
library(ggplot2)
myiris <- data.frame(iris$Sepal.Length, iris$Petal.Length, Highlight=as.character(iris$Species))
names(myiris)[1:2] <- c('Sepal.Length', 'Petal.Length')
myiris$Highlight[myiris$Highlight!="setosa"] <- NA
myiris$Highlight <- factor(myiris$Highlight, levels="setosa")
plot_palette <- c("red","gray70")

P <- ggplot(myiris, aes(x=Sepal.Length, y=Petal.Length, color=Highlight)) +
     geom_point(pch=16, size=5, alpha=0.5) +
     scale_color_manual(values=plot_palette, breaks='setosa')
P

这产生了以下情节，这很棒并且已经是我所期望的；

但是，我也希望点形状作为

Highlight

的函数，其中

setosa

点被填充，而 NA 点为空心。

我使用

scale_shape_manual

的方式与我刚刚使用

scale_color_manual

:

P <- ggplot(myiris, aes(x=Sepal.Length, y=Petal.Length, color=Highlight, shape=Highlight)) +
     geom_point(size=5, alpha=0.5) +
     scale_color_manual(values=plot_palette, breaks='setosa') +
     scale_shape_manual(values=c(16,1), breaks='setosa')

但是，我得到：

警告消息：删除了包含缺失值或值的 100 行 超出刻度范围 (

geom_point()

)。

产生的情节是这样的：

为什么

scale_shape_manual

的行为与其对应函数不同，以及如何纠正它以获得我需要的东西（颜色和形状作为

Highlight

的函数，图例中没有 NA 组）？

编辑

Highlight

栏中的

NA确实不是问题。您可以尝试使用原始

iris

（而不是

myiris

）和

Species

列（而不是

Highlight

）来完成相同的任务，但会出现同样的问题：

P <- ggplot(iris, aes(x=Sepal.Length, y=Petal.Length, color=Species)) +
     geom_point(pch=16, size=5, alpha=0.5) +
     scale_color_manual(values=c('red','gray70','gray70'), breaks='setosa')

并且

P <- ggplot(iris, aes(x=Sepal.Length, y=Petal.Length, color=Species, shape=Species)) +
     geom_point(size=5, alpha=0.5) +
     scale_color_manual(values=c('red','gray70','gray70'), breaks='setosa') +
     scale_shape_manual(values=c(16,1,1), breaks='setosa')

Answer 1

基本上

scale_color_manual

和

scale_shape_manual

的工作方式相同，即在这两种情况下，都会

ggplot2

将

na.value=

分配给从

breaks=

排除的类别。在

scale_color_manual

的情况下，默认

na.value

是

"grey50"

（与

"grey70"

相比，差异几乎不可见，但您可以使用

layer_data()

看到它），而在

NA

的情况下，它是

scale_shape_manual

。

因此，解决您问题的一种方法是明确设置

na.value=

:

library(ggplot2)

ggplot(iris, aes(x = Sepal.Length, y = Petal.Length, color = Species, shape = Species)) +
  geom_point(size = 5, alpha = 0.5) +
  scale_color_manual(
    values = c("red", "gray70", "gray70"),
    breaks = "setosa",
    na.value = "gray70" # The default is "grey50"
  ) +
  scale_shape_manual(
    values = c(16, 1, 1), 
    breaks = "setosa",
    na.value = 1
  )