如何在Cytoscape中按氨基酸类型自动化或快速设置表格样式（细胞背景油漆）？

Question

我正在 Cytoscape 中可视化相关肽序列的网络。氨基酸序列分为几列（即 Col1：氨基酸 1、Col2、氨基酸 2、Col3：氨基酸 3 等），我想根据氨基酸类型为表中单元格的背景着色（即芳香族 F、Y、W = 颜色 1，碱性 H、K、R = 颜色 2，酸性 D、E = 颜色 3 等）这样我就可以快速看到具有相同化学性质的氨基酸。我可以通过样式窗口中的“表格”选项卡手动执行此操作，方法是设置单元格背景绘画并将每个氨基酸离散映射到每列的颜色，但这非常费力（见下图）。

简而言之，我需要帮助以自动化方式一次完成所有这些“表格”样式的格式化。

我解决这个问题的尝试失败了：（1）无法导出“表格”选项卡样式，因此我无法设置配色方案，然后将其导入其他cytoscape网络。 (2) py4cytoscape 的开发者没有包含用于设置“表格”选项卡样式的选项（仅适用于节点、边缘和网络样式）。 (3) 在任何类型的脚本上下文中唯一提到“Cell Background Paint”的是 Cytoscape App Developers 的文档或使用 Java Swing 前端的 Cytoscape 的 API 规范，这对我来说有点太复杂了，所以我想帮助找到一种以自动方式快速设置表格样式的方法。

Answer 1

表格样式很新，所以还不是所有的东西都在那里。 Cytoscape 3.10（即将推出）将以更通用的方式将表格样式集成到样式中，这将包括导出和导入样式的能力。不确定 py4cytoscape 或 RCy3 是否为表格样式添加了接口，但我确定它即将到来。

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