如何使用 R 中的 plotly 直接上传到 Chart Studio？

Question

我想访问我在 R.plotly 中的帐户

我运行了这段代码：

library(plotly)
signup(
    "someusername",
    "[email protected]"
)

我找回了这个错误

Creating/Users/myfolder/.Rprofile
Error in cat_profile("username", con$un) : 
  R doesn't have permission to write to this file: ~
You should consider putting this in an .Rprofile 
(or sourcing it when you use plotly): 

如何解决这个错误？我的目标是使用此代码直接从 R 上传到 Plotly Chart Studio

gg <-
  iris %>%
  ggplot(aes(Species, Sepal.Length)) +
  geom_col(fill = "green")

ggplotly(gg)

api_create(ggplotly(gg))

Answer 1

您可以在链接的情节教程中找到所需的所有信息

https://plotly.com/r/getting-started-with-chart-studio/#getting-started-with-chart-studio-and-the-plotly-r-package

您想使用 Sys.Setenv 设置您的图表工作室凭据

Sys.setenv("plotly_username"="your_plotly_username")
Sys.setenv("plotly_api_key"="your_api_key")

您可以在 chart studio 的帐户设置中获取您的 API 密钥

在此之后（情节教程中使用的示例）：

library(plotly)
p <- plot_ly(midwest, x = ~percollege, color = ~state, type = "box")
api_create(p, filename = "r-docs-midwest-boxplots")

api_create() 然后应该将您的绘图发布到图表工作室

Answer 2

谢谢！我几乎已经开始工作了。问题仍然存在，我在 RStudio 中的绘图有两个 y 轴，当上传到 chart-studio 时只有其中一个出现。 vs https://chart-studio.plotly.com/~HKS/9/# / 知道如何补救吗？

我使用以下方法添加了第二个 y 轴：

ylim.prim <- c(0,40)
  ylim.sec <- c(7,10)
  b <- diff(ylim.prim)/diff(ylim.sec)
  a <- ylim.prim[1] - b*ylim.sec[1]

然后

scale_y_continuous(name = "Response Variable", limits= c (0, 40), sec.axis = sec_axis(~ (. - a)/b, name ="Log (Biomarker (pg/mL))"))