BayesTraits 错误：有翻译线

Question

我正在使用 BayesTraits v. 4.0.0 的多状态函数运行行为进化测试。我有我的根树文件 Tree.trees （使用 FigTree），我的样本列表在 .txt 中，如下所示：

Sp_1 AC
Sp_2 E
Sp_3 ABD
...
and so on
*There are over 300 specimens included in my phylogeny, 
and some have multiple behavioral patterns recorded for a single species, 
relating to the multi-lettered samples such as Sp_3 doing three behaviors (ABD). All are tab deliminated.

和一个Input.text作为

1
2
Run

我的文件看起来与示例文件完全相同，但是当我尝试在 Mac OS 上的命令行中运行它时，

./BayesTraitsV4 Pomp.trees Pomp.txt < PompIn.txt

我明白了

Err: Does have a translate line

我还没有找到有关此错误、它的含义或如何修复它的任何信息。希望有大佬指导一下，谢谢！

Answer 1

是的，没错。没有转换表的 Nexus 格式的树将产生该错误。我发现不用手动编辑树文件，而是使用 ape::read.nexus() 在 R 中导入树，然后使用 phytools::writeNexus() 导出树将使您的树采用正确的格式。