如何从GSE数据集创建Seurat对象？

Question

我知道我们可以从 Cell Ranger 输出文件（条形码、特征、矩阵）创建 Seurat 对象。但我有一个 csv 格式的 GSE 单细胞数据集。我如何从中创建 Seurat 对象？

谢谢。

a = read.csv(, header = TRUE)

b = t(a)

c = CreateSeuratObject（计数 = b，项目 =“my_single_cell”，min.cells = 3，min.features = 200）

CreateAssayObject 中出现错误（counts = counts, min.cells = min.cells, min.features = min.features, :

输入矩阵中不存在单元格名称（colname）

Answer 1

原始表格似乎是行上有细胞，列上有基因，细胞名称在第一列中。要获得正确的行名，请尝试以下操作：

a = read.csv(data.csv, row.names = 1)

然后转置表格并创建 Seurat 对象。