如何在使用R rmarkdown渲染函数时抑制pdfcrop的打印？

Question

我试图在调用R rmarkdown渲染函数时，抑制pdfcrop生成的stdout和stderr的打印，但不知道该怎么做。

我已经使用了安静选项来抑制pandoc命令行的打印，但它并没有抑制pdfcrop的打印。

有没有人有一些小技巧来解决这个问题？

下面是我运行的脚本。

Rscript RNASeq_QC_run.R -v 1 --count ~/devel/R/projects/rnaseq_qc/data/DataTest_Count_expression_generic2.txt  --format generic --design ~/devel/R/projects/rnaseq_qc/data/DataTest_Design.txt --outdir test/out5 &>test/out5.log

这里是调用渲染函数的过程

generic_report_path <- system.file("report", "QC_RNASeq_Count_generic.Rmd", package="qc4rnaseq")
generic_report_file <- paste(unlist(strsplit(basename(generic_report_path),".Rmd")), ".pdf", sep="")
render(input=generic_report_path, output_format="pdf_document", output_file=generic_report_file, output_dir=outdir_abs_path, intermediates_dir=outdir_abs_path, quiet=TRUE)

这里是testout5.log的内容： stdout(常规)和stderr(粗体：在**之间)的输出。

**cropping /private/tmp/qc4rnaseq_run/test/out5/QC_RNASeq_Count_generic_files/figure-latex/unnamed-chunk-2-1.pdf**
PDFCROP 1.38, 2012/11/02 - Copyright (c) 2002-2012 by Heiko Oberdiek.
==> 1 page written on `/private/tmp/qc4rnaseq_run/test/out5/QC_RNASeq_Count_generic_files/figure-latex/unnamed-chunk-2-1.pdf'.
**cropping /private/tmp/qc4rnaseq_run/test/out5/QC_RNASeq_Count_generic_files/figure-latex/unnamed-chunk-3-1.pdf**
PDFCROP 1.38, 2012/11/02 - Copyright (c) 2002-2012 by Heiko Oberdiek.
==> 1 page written on `/private/tmp/qc4rnaseq_run/test/out5/QC_RNASeq_Count_generic_files/figure-latex/unnamed-chunk-3-1.pdf'.
**cropping /private/tmp/qc4rnaseq_run/test/out5/QC_RNASeq_Count_generic_files/figure-latex/unnamed-chunk-4-1.pdf**
PDFCROP 1.38, 2012/11/02 - Copyright (c) 2002-2012 by Heiko Oberdiek.
==> 1 page written on `/private/tmp/qc4rnaseq_run/test/out5/QC_RNASeq_Count_generic_files/figure-latex/unnamed-chunk-4-1.pdf'.
Execution time :  7.120109 seconds

Answer 1

我找到了一个解决方案，使用suppressMessages函数来抑制消息，尽管它并没有抑制所有的消息，只有那些发送到stderr的消息。

以下是我的修改。

suppressMessages(render(input=generic_report_path, output_format="pdf_document", output_file=generic_report_f
ile, output_dir=outdir_abs_path, intermediates_dir=outdir_abs_path, quiet=TRUE))

现在所有发送到stderr的消息都被抑制了 但那些发送到我的脚本stdout的消息却没有被抑制.

它仍然是那些与pdfcrop相关的打印。

PDFCROP 1.38, 2012/11/02 - Copyright (c) 2002-2012 by Heiko Oberdiek.
==> 1 page written on `/private/tmp/qc4rnaseq_run/test/out7/QC_RNASeq_Count_generic_files/figure-latex/unnamed-chunk-2-1.pdf'.
PDFCROP 1.38, 2012/11/02 - Copyright (c) 2002-2012 by Heiko Oberdiek.
==> 1 page written on `/private/tmp/qc4rnaseq_run/test/out7/QC_RNASeq_Count_generic_files/figure-latex/unnamed-chunk-3-1.pdf'.
PDFCROP 1.38, 2012/11/02 - Copyright (c) 2002-2012 by Heiko Oberdiek.
==> 1 page written on `/private/tmp/qc4rnaseq_run/test/out7/QC_RNASeq_Count_generic_files/figure-latex/unnamed-chunk-4-1.pdf'.

Answer 2

封装 render() 在 suppressMessages() 只会压制 message("cropping ", x) 抛出 plot_crop() 函数的输出。pdfcrop 本身，就必须设置 ignore.stdout = TRUE 的内部系统调用中。我刚刚提交了这个功能请求，作为 编织杂志 #1031 在GitHub上。

Answer 3

对我来说，有效的方法（不是最漂亮的解决方案）是将函数分配给一个变量。那么它就不会打印任何东西。

q = knitr::plot_crop(pdf_file,quiet = TRUE)