自定义情节的跨越美学

Question

grid

软件包的功能，尽管确实是hackish。也许有一种更简单的方法，例如从guides

使用

ggplot2，尽管我无法设法使它起作用？

贝洛（Below）是我只想调整图表中的线宽度的一个示例。当然，我也希望在传奇中滴下来。因此，下面是我使用

grid

的步骤，但是任何更简单的解决方案都得到了极大的赞赏（理想情况下，不需要

grid

，但只需

ggplot2

，如果可能的话）。

library(iNEXT)
library(ggplot2)
library(grid)

# Some custom plot from the iNEXT package
data(spider)
out <- iNEXT(spider, q=0, datatype="abundance")

custom_plot <- ggiNEXT(out)
custom_plot

# Get the grobs
g <- grid.force(ggplotGrob(custom_plot))

# Check the list of names of grobs:
# grid.ls(g) 
# View(g$grobs)

# Get an idea about the grob paths
gpaths <- paste(gsub(pattern = "layout::", 
                     replacement = "", 
                     x = grid.ls(g, print = FALSE)$gPath), 
                grid.ls(g, print = FALSE)$name, 
                sep = "::")
gpaths[grepl("polyline", gpaths)]
#> [1] "panel.7-5-7-5::grill.gTree.114::panel.grid.minor.y..polyline.107"            
#> [2] "panel.7-5-7-5::grill.gTree.114::panel.grid.minor.x..polyline.109"            
#> [3] "panel.7-5-7-5::grill.gTree.114::panel.grid.major.y..polyline.111"            
#> [4] "panel.7-5-7-5::grill.gTree.114::panel.grid.major.x..polyline.113"            
#> [5] "panel.7-5-7-5::GRID.polyline.91"                                             
#> [6] "panel.7-5-7-5::geom_ribbon.gTree.101::geom_ribbon.gTree.95::GRID.polyline.93"
#> [7] "panel.7-5-7-5::geom_ribbon.gTree.101::geom_ribbon.gTree.99::GRID.polyline.97"

# Edit the width of the lines
g <- editGrob(grob = g, 
              gPath = gpaths[grepl("panel.7-5-7-5::GRID.polyline", gpaths)],
              gp = gpar(lwd = c(1,1,1,1)))
plot(g)

由Reprex软件包（v0.3.0）在2020-07-22创建

您正在寻找的答案在“您自己绘制r/e曲线”下

https：//cran.r-project.org/web/packages/inext/vignettes/introduction.html.

. 不幸的是，包装的作者提供了函数

Fortify（）^{以及一些代码逐字复制，以实现您想要的东西。 您应从该部分复制以下内容，然后更改GEOM_LINE（）}函数call call to your liking的

lwd

Answer 1

df <- fortify(out, type=1) # Note the type parameter!

df.point <- df[which(df$method=="observed"),]
df.line <- df[which(df$method!="observed"),]
df.line$method <- factor(df.line$method, 
                         c("interpolated", "extrapolated"),
                         c("interpolation", "extrapolation"))
 
ggplot(df, aes(x=x, y=y, colour=site)) + 
  geom_point(aes(shape=site), size=5, data=df.point) +
  geom_line(aes(linetype=method), lwd=1.5, data=df.line) +
  geom_ribbon(aes(ymin=y.lwr, ymax=y.upr,
                  fill=site, colour=NULL), alpha=0.2) +
  labs(x="Number of individuals", y="Species diversity") +
  theme(legend.position = "bottom", 
        legend.title=element_blank(),
        text=element_text(size=18),
        legend.box = "vertical") 

我认为您使生活过于复杂。 这种方法会给您您需要的东西吗？ 构成一个情节

plot <- mtcars %>% ggplot() + geom_line(aes(x=mpg, y=cyl, colour=as.factor(gear)))
plot

修改图 plot + aes(size=5) + guides(size=FALSE)

Answer 2

guides

呼叫抑制了

size

的传说。 显然，如果您希望传奇出现，则可以将其删除。

update 在评论中对OP的问题表示反应。我同意：我的建议不会像我预期的那样修改

ggiNEXT

图。 我做了一些挖掘。 图中的多样性曲线是由以下语句在

ggiNEXT.iNEXT

函数中产生的。

g <- g + geom_line(aes_string(linetype = "lty"), lwd = 1.5) + ...

我发现这个奇怪。 据我所知，lwd不是

ggplot2

的美学。 （而

"lty"

不是

linetype

美的有效值。但是，

lty

和lwd分别是ggplot2和

linetype

的基础等效物。）

）

）

case

size

是一个无证件的功能，我尝试了

lwd但这没有效果。 然后，我将

custom_plot + aes(lwd=3)

函数的主体复制到我自己的功能中，然后更改了呼叫

ggiNEXT.iNEXT

读

geom_line称呼我的新功能产生了一个与原始调用所产生的曲线相同的情节（至少在我眼中）。然后g <- g + geom_line(aes_string(linetype = "lty"), size = 1.5) 产生了预测的变化。 因此，我最好的建议是（1）创建本地版本的

ggiNEXT.iNEXT

并在需要进行此修改时加载它[当然，然后您需要确保您将本地副本与任何更改的任何更改更新为“官方”版本]或（2）从头开始创建图形。 查看

custom_plot <- myPlot(out)
custom_plot
custom_plot + aes(size=3) + guides(size=FALSE)

的源代码，并不是那么复杂。

这可能值得与

ggiNEXT.iNEXT

的作者一起提出的问题。