如何在一张图中的多个箱线图上获取统计显着性标记？

Question

我在一张图表上生成了多个箱线图，比较了三个标记的三个位置。我想为所有位置上的每个标记添加统计显着性标记。然而，我不想在标记之间画出意义。

library(ggplot2)
library(dplyr)
library(tidyr)
library(ggpubr)

data <- data.frame(
  fat = rep(c("Lake A", "Lake B", "Lake C"), each = 50),
  zon = c(rnorm(50, mean = 5, sd = 1), rnorm(50, mean = 5.5, sd = 1), rnorm(50, mean = 4.5, sd = 1)),
  cal = c(rnorm(50, mean = 6, sd = 1.5), rnorm(50, mean = 6.5, sd = 1.5), rnorm(50, mean = 5.5, sd = 1.5)),
  si = c(rnorm(50, mean = 7, sd = 1), rnorm(50, mean = 7.5, sd = 1), rnorm(50, mean = 6.5, sd = 1)), other1 = rnorm(150),other2 = rnorm(150))

data_selected <- data %>% select(place = fat, zon, cal, si)

data_long <- pivot_longer(data_selected, cols = c("zon", "cal", "si"), names_to = "category", values_to = "value")

comparisons <- list(unique(data_long$place))

ggplot(data_long, aes(x = place, y = value, fill = category)) +
  geom_boxplot() +
  labs(title = NULL,
       x = "Location",
       y = "Marker level (Log-values)",
       fill = "Marker") +
  theme_bw() +
  theme(legend.position = "top") +                 
  ggpubr::stat_compare_means(comparisons = comparisons, aes(label = ..p.signif..), method = "t.test", size = 5, vjust = .5) 

这个例子只是一次比较，如何进行多次比较？

Answer 1

如果你阅读文档，它说

comparisons

对象应该是：

长度为 2 的向量列表。向量中的条目要么是 x 轴上 2 个值的名称，要么是与要比较的感兴趣组的索引相对应的 2 个整数。

虽然你有一个包含所有三个湖泊的向量：

dput(comparisons)
#> list(c("Lake A", "Lake B", "Lake C"))

所以你的比较应该是这样的：

comparisons <- list(c("Lake A", "Lake B"), 
                    c("Lake A", "Lake C"),
                    c("Lake B", "Lake C"))

请注意，

stat_compare_means

将仅比较x轴位置之间的值，它不会比较每个x轴位置处的不同组。例如，请参阅 GitHub 上的此讨论。据我了解，您希望对所有三个组进行所有三个站点比较，总共 9 次不同的比较。

作者建议在这种情况下使用facet。这实际上会给你一个比一堆 9 个括号进行比较更整洁的图：

ggboxplot(data_long, x = "place", y = "value", facet.by = "category",
          fill = "category") +
  labs(title = NULL,
       x = "Location",
       y = "Marker level (Log-values)",
       fill = "Marker") +
  stat_compare_means(comparisons = comparisons, 
                     aes(label = ..p.signif.., group = category), 
                     method = "t.test", size = 5) +
  theme_bw() +
  theme(legend.position = "top")

还有更复杂的方法来获取您所描述的情节，但我不确定它们是否值得您需要投入的工作量。